能源部变得释放大豆基因组组装

初步的大豆基因组组装和注释,大豆,可用了美国能源部联合基因组研究所(DOE变得)更大的科学界,使生物能源的研究。

公告是由艾迪鲁宾,能源部变得导演,在他的主旨讲话在植物和动物基因组十六会议上1月15日在圣地亚哥,CA。初步可以访问数据http://www.phytozome.net/soybean。

大豆基因组计划发起通过能源部变得社区测序计划(CSP)牵头的财团能源部Dan Rokhsar变得斯坦福大学的Jeremy污物,加里·斯泰西missouri大学的兰迪鞋匠爱荷华州立大学和普渡大学的斯科特·杰克逊,支持美国农业部和美国国家科学基金会。

大规模的猎枪DNA测序项目始于2006年中期,将在2008年完成。总共约1300万猎枪读取已制作完毕并存入国家生物技术信息中心(NCBI)跟踪档案按照联盟的承诺早期访问和一致的劳德代尔堡的基因组数据发布的政策。

当前装配(代表7.23 x覆盖),基因集,和浏览器统称为“Glyma0”。Glyma0初步版本,基于部分数据集。这是一个改进,有望取代chromosome-scale 2008年底“Glyma1”版本。早期用户鼓励这些数据跟踪他们的最喜欢的基因通过保存这些位点的DNA序列的本地副本,而不是标识符或序列坐标,因为这些将改变在未来的版本中。

能源部变得测序大豆的兴趣源于其作为生物柴油的主要来源,可再生,替代燃料能量最高的任何替代燃料。

大豆遗传代码的详细知识将使农作物改善更有效应用这种植物的清洁能源发电方式。知道哪些基因控制的具体特征,研究人员能够改变的类型、数量、和/或位置的石油产生的作物。

通过利用DOE变得生成的序列信息,可以开发一个定制的生物质生产平台,结合石油种子生产生物柴油与增强营养生长对乙醇转换——作物的能量输出要翻倍。2004年,超过31亿蒲式耳大豆种植在近7500万英亩在美国,据估计每年价值超过170亿美元,仅次于玉米、小麦和两倍。