Edico基因组,IBM合作

Edico基因组已经宣布与IBM合作做出新的IBM Power系统上可用DRAGEN S822LC高性能计算(HPC)。此外,Edico现在提供Broad研究所基因组分析工具包(GATK),高通量测序数据的分析软件包,部署在DRAGEN。称为加速GATK Edico的内部测试表明,只需提供18分钟完成变体时调用分析运行在IBM Power Systems S822LC HPC,过去了大约30个小时。

IBM Power Systems S822LC的架构是理想的生命科学的客户需要更多的处理能力,提供应用程序的最大吞吐量。POWER8-based HPC系统注入社区创新OpenPOWER基金会——一个全球组织200个成员国的领先的技术供应商和用户支持和促进开放开发的权力的开放式架构,同时会增加工作量密度,减少数据中心的建筑面积。

Edico DRAGEN和新的加速GATK结合电力系统S822LC帮助让用户受益于性能,有可能使执行高级分析使用集成的平台,可能需要多个bioinformaticians或减少supercomputer-class计算基础设施。

“随着越来越多的医疗中心、临床实验室和基因药物研究机构工作,快速、准确的新一代测序数据的分析是至关重要的,”苏米特古普塔说,副总统,IBM Power Systems,高性能计算和分析。“IBM Power Systems S822LC高性能计算,结合Edico DRAGEN看到你处理器,从小时分钟加速基因组序列分析,基因组研究使科学家和医生加速。”

“IBM是信息基础设施的主要提供者之一世界各地的医院,医院在美国的多数利用他们的技术解决方案,“Pieter van罗延说博士,首席执行官Edico基因组。”提供DRAGEN IBM Power Systems提供现有的IBM客户和更多的医院和学术中心寻求建立一个基因组学基础设施迅速、准确、轻松集成分析的解决方案。此外,我们的新产品,加速GATK,使基因组研究人员访问一个全面的工具包的算法在一个地方,进一步简化他们的生物医学研究活动。”

作为与IBM合作的一部分,Edico基因组已经加入了OpenPOWER基础。这将使Edico基因组访问电力CPU处理器和系统优化,平台开发活动和先进的硬件技术开发。GATK广泛研究所是一个软件包开发的分析高通量基因组测序数据。到目前为止,已经有超过20000用户使用GATK基因组数据处理,提供各种各样的基因组分析工具。

DRAGEN高度可重构,使用现场可编程门阵列(FPGA)来提供基因组管道的硬件加速实现算法,包括BCL转换、压缩、映射、对齐、排序、重复调用标记和单体型变体。除了加速GATK,管道上可用DRAGEN平台包括转录组/ RNAseq Metagenome /微生物、表观基因组/ Methylome和联合基因分型。

所有的管道算法可以运行在IBM Power Systems和更新版本供客户通过简单的远程下载。基因组的管道可以用于人类和非人类基因组的分析,包括小麦、水稻、老鼠,老鼠和其他基因组。灵活的DRAGEN平台允许自定义算法开发以及改进和完善现有的管道。