估计绝对蛋白质大量未标记样本的选择反应监测质谱

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对于许多研究问题在现代分子生物学和系统信息绝对蛋白量势在必行。这些措施包括,例如,动力学建模过程,蛋白质营业额决定,化学计量蛋白复合物的调查或定量比较不同的蛋白质内一个或跨样本。到目前为止,绝大多数的相对定量蛋白质组学的研究仅限于提供之间的蛋白质含量比较有限数量的样本。这里我们描述和演示的工具针对质谱(MS)技术绝对蛋白质丰度估计标记,其中未分馏细胞溶解产物。方法是基于选择反应监测(SRM)质谱和最好飞行员假设,而假设的具体信号强度女士最强烈的胰蛋白酶的多肽/蛋白质大约是贯穿了整个蛋白质组。SRM目标最好飞行员肽被选为每个蛋白质女士从肽前体离子信号强度指示数据。每个肽最强烈的转换选择从原油全MS / MS扫描合成类似物。我们使用蒙特卡洛交叉验证系统地调查技术的准确性的函数测量最好飞行员的数量每肽肽和SRM的数量转换。我们发现,基于两个最强烈的一个线性模型转换的三个best-flying多肽/蛋白质(TopPep3 / TopTra2)生成最优结果,阐述mean-fold 1.8和误差平方皮尔森系数R2为0.88。将优化模型应用于溶菌产物我们检测到的微生物钩端螺旋体interrogans 39目标蛋白质的重要蛋白质丰度变化经抗生素治疗,这与文学相关的值。 The described method is generally applicable and exploits the inherent performance advantages of SRM, such as high sensitivity, selectivity, reproducibility and dynamic range, and estimates absolute protein concentrations of selected proteins at minimized costs.

这篇文章发表在《分子与细胞蛋白质组学和可以自由访问。