有缺陷的基因广泛研究蠕虫是纠正
由康奈尔大学的一项新研究发现,广泛的基因组研究蠕虫,无数的研究基础之上,是有缺陷的。现在,一个新的基因组序列将纠正和改进未来的研究的准确性。
当科学家研究有机体的基因,他们从一个标准的基因组测序从单一菌株作为基线。就像国际象棋的棋盘游戏:每块板基本上是相同的。
一个生物模型,科学家们在研究一种名为秀丽隐杆线虫的蠕虫使用。蠕虫——第一个多细胞真核生物(动物、植物或真菌)有它的基因组测序,栽培容易,简单的生物,没有骨头,心脏或循环系统。同时,它股票许多与人类基因和分子途径,使之成为模型为研究基因功能、药物治疗、老化和人类疾病如癌症和糖尿病。
秀丽隐杆线虫的基因研究是基于单个应变,叫做N2,秀丽隐杆线虫的研究人员几十年来已下令股票明尼苏达大学的中心。虽然人们试图维护一个共同的标准,个人实验室N2菌株在自己的增长,导致变形。
“在过去的十年里,更先进的基因实验使用高水平的DNA测序,科学家们惊恐地发现,不再是一个实验室压力,每个人都在使用,”埃里希·施瓦兹说,助理研究教授的分子生物学和遗传学等。“超过40年,出现了许多不同的氮气压力;我们不能依赖于任何其中一个做实验。”
施瓦兹是一项新的研究的资深作者发表在基因组研究描述单个基因干净的应变,叫做VC2010,每个人确实是相同的。施瓦兹和他的同事们从东京大学,斯坦福大学,英属哥伦比亚大学和明尼苏达大学利用尖端技术VC2010的基因组序列和创建一个新的标准。
作为这项研究的一部分,研究人员比较VC2010原始N2基因组。他们预计一个近乎完美的比赛,但是有一个惊喜。”我们期望看到的1亿个核苷酸,我们发现一个额外的200万个核苷酸,额外的百分之二的基因组,”隐藏在原始的,可能由于旧技术的局限性,施瓦兹说。
施瓦兹补充说,类似的问题可能发生在标准的其他生物体的基因组,包括人类。“这告诉我们,有一个动物的真正完整的DNA并不是像我们想象的那么容易,”他说。
其他实验室已经开始使用现代测序工具重新评估其他基因组,这对于合成生物学有一定的意义,科学家们创造生命,如细菌,从头开始。“有一个很好的DNA序列是一个重要的基准,”施瓦兹说。
这篇文章被转载材料所提供的康奈尔大学。注:材料可能是长度和内容的编辑。为进一步的信息,请联系引用源。
参考:Yoshimura et al . 2019。Recompleting秀丽隐杆线虫的基因组。基因组研究。doi: 10.1101 / gr.244830.118。
