现在还不到10美元,任何人都可以探索在VR单个细胞

虽然通常认为是被限制为昂贵的专用硬件玩家,虚拟现实(VR)已成为近年来更多的实惠与入门级硬件——比如谷歌纸板——售价不到10美元。智能手机的耳机,任何人都可以将他们的设备放在耳机和视图虚拟现实内容通过大屏幕。

现在的门槛大大降低,科学家和工程师试图找出方法将VR群众,可能用它来解锁突破性的发现。这样的一个研究小组从美国一些顶级医疗中心和机构已经发表了一篇论文遗传学前沿记录他们创造的一个虚拟现实工具叫做“singlecellVR”,允许任何人探索单细胞的数据集。

卢卡Pinello博士副教授马萨诸塞州总医院和哈佛医学院,也是该论文的通讯作者,最初提出这一概念在2019年的一次单独与他的同事大卫·斯坦惠东Chen博士和迈克座葡萄园。从同龄人获得很多的关注后,他们决定开发一个工作原型。后来新特性添加钱秦博士和其他人的帮助下在Pinello实验室。

学习新事物的乐趣和互动的方式

“我相信虚拟现实和增强现实(AR)技术是刚刚起步的适用的空间,尤其是在科学、“Pinello说。“我希望公众能欣赏新的机会,新的虚拟现实/ AR技术带给我们与现实,探索生物数据或者只是以一个有趣的和互动的方式学习新事物。”

自由,开放获取web应用程序允许任何人轻易想象单细胞分析在虚拟现实和从用户不需要先进的技术技能。单细胞分析已经改变了我们的能力模型内细胞群异质性和帮助识别单个细胞的功能和行为在一个更大的人口的细胞。

获得这个数据,了解细胞状态和基因存在是至关重要的在帮助科学家更好地了解,例如,各种癌症在人体内的传播。

以前的工具用于单细胞数据视图可视化虚拟现实仅限于最昂贵的硬件,成本高达2500美元。然而,singlecellVR是建立在以前的进步允许用户在虚拟现实可视化自己预先计算的数据直接从最常用的单细胞分析工具,包括Scanpy、修拉、PAGA,流,scVelo, EpiScanpy。

如何访问它

“我们从这些工具简化了数据输出的转换,使得用户很容易导致越来越多的数据库数据集从关键预处理和用于虚拟现实可视化的研究,”作者写道。

“最终,这些工具寻求授权非计算性的生物学家去探索他们的数据,快速做出假设,否则难以实现从传统的二维可视化。”作者继续说,尽管工具已经发展在过去,目前没有同行评审工具用于单细胞的可视化数据在虚拟现实中,说明该地区新奇的单细胞RNA序列。

分享服务,虚拟现实耳机是有限的用户可以导航和数量与他们的数字环境,Pinello说,添加一个便宜的蓝牙键盘或控制器(大约20美元)应该更好的体验。

singlecellVR网站——不需要在设备上安装——允许用户探索几个加载数据集或上传自己的数据集虚拟现实可视化在Google Chrome, Firefox Safari和安卓和苹果设备。

一旦用户将他们的数据上传到singlecellVR,他们可以选择3 d视图和探索数据直接在web浏览器或快速抛弃他们的移动设备的数据可视化虚拟现实耳机。在单细胞可视化数据的最大挑战之一,研究小组说,在数据显示在桌面电脑和显示它通过一个智能手机。

克服这一挑战,使虚拟视图的无缝过渡到智能手机,团队的网站动态生成一个二维码,使用户能够在手机上打开虚拟视图查看数据上传通过个人电脑。

未来的计划

展望未来,团队认为singlecellVR拥有更多应用程序相关的新的单细胞技术(如multiomics或空间分析),预计singlecellVR扩大支持更强大的设备,如眼睛VR耳机从Facebook(成本约300美元)。

“我的希望是,通过降低障碍采取或探索这些新技术,更多的人会变得兴奋这个空间,我们将创建一个社区开发虚拟现实应用程序感兴趣关注生物数据的探索和分析,“Pinello说。

参考:斯坦DF,陈H, Vinyard我,et al . Singlecellvr:单细胞的交互式可视化数据在虚拟现实。麝猫面前。2021;12:764170。doi:10.3389 / fgene.2021.764170

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