基因组设计与SciDM集团合作伙伴

基因组的设计,公司宣布了一项与SciDM集团合作,生物信息学工具开发人员。

基因组的设计将使用SciDM集团的高性能数据库引擎,转录组数据处理管道,技术和高通量序列比较。

基因组的工具将被用来增加设计的现有的基因组注释管道和提高为客户定制软件开发项目。

“SciDM集团致力于为计算生物学家提供快速、灵活的数据管理和生物信息学工具,能够保持跟上高通量数据采集技术的进步,例如,最近雪崩的测序数据,”丹尼斯Kaznadzey说SciDM集团的领导人。

Kaznadzey继续说道,“我们的工具是免费的,大多数都是开源和可供下载从公共存储库。然而,他们需要与客户的系统集成。我们的伙伴关系与基因组的设计不仅仅是另一个vendor-client关系:他们计划为我们的产品提供安装和集成服务”。

SciDM集团的旗舰产品,数据库管理系统,是一个零维护对象-关系数据库引擎优化处理大量数据。

等典型的生物信息学任务序列组装和集群,SciDM数据管理器运行数千倍速度比传统的数据库引擎,包括流行的商业品牌。

其他工具SciDM集团同样允许相当大的性能优化和随后的增长速度:QSimScan(快速相似性扫描仪)执行5到100倍的速度比标准NCBI BLAST根据搜索参数,和EST管道有效地将原始转录组数据转换成标准化的基因表达谱。

“自从我们开始行动,我们看到一个相当大的兴趣在我们的定制的基因组注释和代谢工程服务。然而,我们的潜在客户经常需要更多的比:我们经历了强劲需求定制软件工具,”首席执行官评论Natalia Alexandrova基因组设计。

Alexandrova继续说道,“最初,这些项目已经超出了我们的范围,但我们与SciDM集团合作将使我们能够缩短开发周期,提供健壮的系统不改变公司的焦点和更高的客户满意度”。