基因组注释的主要microrna揭示小说机制

小分子核糖核酸短非编码rna扮演关键角色在调节基因表达在正常生理和疾病。尽管有严格控制的表达水平,microrna本身如何管制所知甚少,因为他们的基因定义糟糕的。

虽然成熟的microrna只是~ 22个核苷酸,成绩单到数百个碱基长。主要microrna的成绩单,或pri-miRNAs迅速加工成成熟的microrna发夹结构位于外显子和内含子的pri-miRNA记录。因为处理很快,标准方法如rt - pcr或核糖核酸测序检测全身pri-miRNAs敏感性较差。许多microrna基因,因此,缺乏注释功能如启动子或拼接网站,了解他们的转录和转录后调控阻碍进展。

要克服这一点,德克萨斯大学西南医学中心的研究人员和约翰霍普金斯大学稳定pri-miRNAs DROSHA表达显性否定形式,核糖核酸酶III酶负责pri-miRNA乳沟,各种人类和小鼠的细胞系。深度测序核rna StringTie组装记录和应用计算工具,研究人员能够注释69%的人类microrna和75%的鼠标microrna。新注释pri-miRNA基因结构可以使用标准的基因组浏览器包括可视化UCSC基因组浏览器。

“初级microrna的一个显著特征是他们的极限长度,即使在这种情况下,他们函数只产生一个~ 22个核苷酸microrna的,”约书亚说Mendell说,该研究的通讯作者。“尽管似乎浪费的产生这样的rna,其中大部分将立即退化,这个组织可能出现允许复杂的监管机制编码microrna的。”

尽管集群microrna通常认为是co-transcribed,研究者们发现的证据表明,一些人类基因间守恒的microrna的集群替代促进剂。“我们惊讶地发现这样的microrna的情况可以单独或者co-transcribed或转录,这取决于使用启动子,“Mendell说。

研究者pri-miRNAs分为三大类基于基因结构:类的我,独立于其他基因转录和可能代表独立的转录单位,二级,这是蛋白质编码基因的转录为一个扩展,和第三类,这是一个非编码RNA的转录为一个扩展。第三类的一个例子pri-miRNA位于上游的非编码RNA SPACA6P编码mir - 99 b, let-7e, mir - 125 a。作者建议SPACA6P DROSHA的乳沟产物处理由于5’端立即毗邻3 '端pre - mir - 125 a的发夹。

新的注释将允许研究人员解决问题的转录复杂性microrna的规定,包括如何microrna的启动子可能监管或剪接如何影响microrna的表达。“也有可能,这些数据将显示,一些以前确定变异序列变异实际上属于一种以前未被认识的初级microrna基因,从而提高的可能性,这些变异可能影响编码的microrna的表达,“Mendell说。