英国热处理器加速基因组分析

TGAC高性能计算(HPC)的基础设施将受益于增加Edico基因组的DRAGEN™,世界上第一个处理器设计特定的测序数据分析任务。DRAGEN将用于加速TGAC下一代测序工作流。

DRAGEN显示映射的初始评估对灰树基因组177倍比TGAC当地HPC系统处理核心,只需要7分钟,而不是3个小时在一个更大的数据集。对齐在水稻基因组上运行,大约两个小时TGAC HPC的服务器上使用DRAGEN只用了三分钟。

项目主管蒂姆•施迪博士TGAC科学计算的主管说:“我们很兴奋Edico基因组的第一DRAGEN客户在英国,我们热烈期待利用这种突破性的技术来推进我们的使命,促进可持续的生物经济和维护英国粮食安全。

“特别是,我们真的很想知道DRAGEN如何处理小麦基因组,这是五倍人类基因组和复杂得多。小麦的主食是超过35%的世界人口将增加到2050年的90亿人。

“通过了解小麦的基因组的构建块,和它的多样性,我们可以更好地通知育种者如何提高他们的产量,特别是在地区小麦容易疾病和干旱。显然,我们越早越好,DRAGEN可以大大帮助我们在这个任务。

“对齐参考基因组每日TGAC研究人员是一项基本的任务。感谢我们的合作伙伴Edico基因组,我们DRAGEN系统将包含基因组和转录组高度优化的分析管道。”

“TGAC是骄傲的是一个领袖在新的颠覆性技术的生物科学共同体与Edico基因组和我们的合作继续说明我们在这一领域的领导地位。”

的DRAGEN看到你作为PCIe卡,可以在处理器集成在一个预先配置的服务器,支持无缝集成到生物信息学工作流。DRAGEN高度可重构,使用现场可编程门阵列(FPGA)提供的硬件加速实现BCL转换、压缩、映射、对齐、排序、重复标记调用和关节的基因单体型变体。

DRAGEN系统因此,比传统的方法要快得多,执行算法的软件实现。在最近的一项研究发表在基因组医学DRAGEN加快整个基因组的分析从22.5小时41分钟,同时实现99.5%的敏感性和特异性。类似的效率收益可能产生极大的影响,因为在TGAC高通量基因组数据的处理,在序列比对是许多测序项目的关键。

“我们与TGAC合作,在基因组学的强国,在欧洲最大的计算硬件设施之一,是一个很好的例子的好处DRAGEN适用于测序中心,“Pieter van罗延说博士,首席执行官Edico基因组。“我们期待着继续与世界各地的研究人员和临床医生需要迅速分析下一代测序数据和成本有效的准确性的前提下。”

TGAC由BBSRC和经营战略是国家能力促进基因组学和生物信息学的应用生物科学研究和创新。