HUPO大脑蛋白质组项目使用Bruker Daltonics的增强型ProteinScape™功能

在人类蛋白质组学组织(HUPO)第四届世界年会上，Bruker Daltonics宣布，HUPO大脑蛋白质组学项目(BPP)生物信息学委员会已决定将Bruker Daltonics的ProteinScape™数据库解决方案的关键功能纳入HUPO BPP的标准数据再处理指南中。

这些功能包括ScoreBooster™、Metascore™和ProteinExtractor™，它们一起有望进一步提高从蛋白质组学项目中获得的信息和知识的质量和有效性。

ProteinScape旨在通过质谱数据解释过程中的每个步骤的优化和验证策略来生成高质量的信息。

采用ScoreBooster算法对肽质量指纹(PMF)谱进行预处理，该算法将数据校准、去除校准信号和蛋白质搜索迭代结合起来，显著提高了蛋白质识别率。

ProteinScape旨在集成多个不同的搜索引擎，包括Mascot, Phenyx和Profound，通过补充使用多个搜索引擎，使用MetaScore算法来提供增强的可靠性，并通过智能组合来自这些不同搜索引擎的评分方案来增加信心，从而允许交叉验证和巩固识别结果。

基于这些搜索引擎识别的多肽的蛋白质评估由ProteinExtractor算法执行，该算法从LC-MS/MS搜索结果生成真正的非冗余蛋白质列表。
ProteinExtractor减少了蛋白质结果中的冗余，显著减少了人工验证工作。

“这些是我们分析HUPO BPP试点研究数据的自动化方法的关键特征，”BPP生物信息学委员会的Christian Stephan博士说，他在鲁尔大学医学蛋白质组学中心进行大脑蛋白质组学研究。

HUPO的脑蛋白质组计划(BPP)试点研究的目的是通过使用不同的分离和质谱技术在世界各地的实验室分析样本，从中获得深入的知识。

HUPO的BPP数据被收集、存储并提交到ProteinScape中，这是BPP所有蛋白质组学项目管理所选择的数据库系统。ProteinScape完全符合所有适用的HUPO蛋白质组学标准倡议(PSI)标准。

HUPO大脑蛋白质组项目主任Helmut E. Meyer教授指出:“特别是，ProteinScape的新功能使我们能够以非常有效的方式存储、处理和分析大量数据。”
随着Bruker Daltonics将mzData标准格式添加到ProteinScape，质谱数据的比较、交换和验证变得更加方便。mzData格式是由HUPO PSI建立的标准数据交换格式。

Bruker Daltonics生物信息学主任Herbert Thiele教授说:“复杂的生物信息学数据库系统的使用是成功管理大量异构数据的必要条件，这些数据是由当今蛋白质组学中使用的各种工作流方法产生的。”

他补充说:“HUPO BPP再处理工作清楚地表明，需要先进的算法来进行数据评估和验证。更高质量的结果会让人更有信心，产生更多相关的知识。”