IBM Watson致癌基因转化为药物靶点

IBM ' s的华生打败现实参赛者在危险之中。现在,研究人员希望这个图标的人工智能也将帮助癌症患者赢得通过提供一个快速、全面的报告基因突变的根源他们特定的疾病和治疗的目标。

“我们必须改变我们的整个行为观察肿瘤。我们错过太多,往往治疗不为病人工作,”博士说Ravindra Kolhe,乳腺癌和分子病理学家和格鲁吉亚深奥的主任和分子病理学系实验室LLC乔治亚州奥古斯塔大学的医学院。

“沃森,所有致癌基因成为目标,”Kolhe说,谁是给一个更新沃森基因组分析在国际癌症基因组协会8月7 - 9日在丹佛。

作为一个例子,今天黑色素瘤活检病理学家将分析一个单一BRAF基因的变异,在大约50%的黑色素瘤。有药物直接目标突变基因,但如果他们不找到BRAF,病人将接受更广谱化疗方案。

华生,另一方面,有能力迅速识别多个BRAF的变化以及其他变化在近12个基因已知导致皮肤癌的治疗目标,Kolhe说。

“大多数时候,我们只是告诉他们有一个癌症患者,“Kolhe说。

“沃森可以帮助我们提供更加全面、个性化护理病人。”

他第一次与Illumina公司,这是一家加州生物科技公司和市场系统分析基因变异和生物功能,验证TruSight肿瘤170面板,让沃森更广泛的癌症基因组学的角度来看。

面板提供了沃森氨基酸突变信息——氨基酸的主要成分和因素的功能蛋白的基因,所以它们的正常和促进功能。它还提供了已知基因融合或突变,就像那些BRAF一样,可以将以前不活跃的基因转换为致癌基因在八个常见的癌症,如肺癌、结肠癌、乳腺癌、前列腺癌以及黑色素瘤。这些基因在多种癌症类型球员,包括那些没有在列表中。

Kolhe序列DNA和RNA从病人的肿瘤,沃森提要的信息,自动问答计算机系统,与传统的搜索引擎,可以收集证据和分析数据,还产生知识。

“在约20分钟,沃森看着是什么异常样本,然后将异常,看起来全世界看看药物已经被用来对付他们,对他们正在进行什么研究,甚至其他的药物,可能是有用的,”Kolhe说。

他把扩大视角俯视的区别通过传统的显微镜,通过哈勃太空望远镜。

“此刻我们正在看一件事:单个氨基酸和单基因融合。每个基因都有数百个氨基酸和我们看170个基因有一个巨大的乘数效应,”他说。

决定治疗显然仍在医生和病人的手中,他们属于Kolhe说,但沃森可以前所未有的信息立即作出决定治疗最适合个别患者。

作为一个例子,作为许多测试运行,沃森Kolhe长达30页的评估提供了一种罕见的软组织肉瘤患者,包括7个基因突变,突变在哪里,他们知道做什么和选择目标。

也有一个基因列表改变没有已知的治疗以及基因突变,但他们的贡献对疾病目前不清楚。

这些未知数华生遇到,还可能帮助研究人员喜欢Kolhe确定新的基因因素多种癌症,让沃森有价值的科学工具。

这种类型的综合报告可能需要10人10天来生成,Kolhe说。

在这些早期阶段,Kolhe的实验室团队和IBM团队实际正在做手工的劳动密集型工作梳理数据库clinicaltrials.gov /和ncbi.nlm.nih.gov / pubmed /双止沃森的发现。“他做的很好,”Kolhe说。“我们喂他好信息,让他继续。”

他希望开始测试当前患者和9月Illumina公司面板应该用于其他病理学家大约在同一时间。

“这是一个令人沮丧的病理变化。你可以告诉,你有癌症,但是我们不知道表达这种恶性肿瘤发生的方式,”他说,特别是在目前的标准是一个基因。

“这不是原因,因为有些事情导致突变,但源-希望最好的治疗的肿瘤细胞。”

Kolhe和Illumina公司已经开发出一种更广泛的500 -基因小组将沃森学习几个月。无论是Kolhe还是大学合作,除非获得专利的发现,将得到补偿,如新致癌基因,。

这篇文章被转载材料所提供的在奥古斯塔大学佐治亚医学院。注:材料可能是长度和内容的编辑。为进一步的信息,请联系引用源。