Illumina公司和威康信托基金会桑格研究所宣布完成了濒危的袋獾基因组

Illumina公司人员,公司和威康信托基金会桑格研究所使用Illumina公司下一代测序技术来创建一个草案濒危的袋獾的基因组序列,并将使用这个发现传染性癌症的基因突变,破坏其人口。

开门的新研究结果选出那些推动癌症的特殊变异和奠定的基础持续跟踪疾病的传播的工作,为临床前测试的发展,保护策略和疾病治疗。公告是由桑格研究所研究员,博士伊丽莎白Murchison, 2010阿会议在霍巴特,澳大利亚的塔斯马尼亚岛。

参考袋獾基因组——大约同样大小的人类基因组测序在八天Illumina公司HiSeq 2000上运行,产生基因组覆盖率超过80倍。两种癌症基因组的影响动物从塔斯马尼亚的不同部分测序在高覆盖率。测序,新创的装配和分析三个基因组遗传变异已经由维尔康姆基金会桑格研究所的科学家们共同承担和Illumina公司。

“我们对此项研究倍感兴奋这个项目意味着什么,不仅对这个非常稀有和濒危物种的未来这罕见的癌症,”大卫·本特利说Illumina公司首席科学家。“很高兴看到Illumina公司下一代测序,它强调速度、准确性和基因组覆盖率,打开一个新的可能性的世界对科学家来说,疾病的根源和表现。”

袋獾是最大的食肉有袋动物,原产于塔斯马尼亚岛。在野外灭绝的物种的风险由于传染性面部癌症,这是魔鬼之间传播的转移癌细胞咬。然后从第一个魔鬼癌细胞在咬的动物,通常在数月内死亡的症状的出现。14年以来第一次发现这种疾病是,魔鬼人口已经下降了80%以上。

袋獾面部肿瘤癌症几乎是独一无二的动物王国,它是通过直接移植动物动物的癌细胞。

“这个序列是非常宝贵的,在关键时刻,“默奇森博士说。“通过比较我们与样本序列草案从许多数以百计的恶魔患上这种癌症,我们可以开始看疾病的传播,毫不夸张地说,通过识别地理路线和传播的障碍。这些知识可以在塔斯马尼亚最终形状的保护工作。

“花了10年人类基因组序列草案;魔鬼只用了两个月使用这种新技术。我们正在进入一个新的时代,基因组测序可以应用到我们的一些最紧迫的问题。”

下一步将是更多的袋獾面部肿瘤样本序列。通过生成配置文件的突变出现在这些癌症,他们希望提高对该病的了解和它的传播。

“这个序列不仅是一种恩惠努力保护这一濒危物种,”迈克·斯垂顿教授说桑格研究所的主任和关节的癌症基因组项目。“我们相信,这项研究,第一个的看这个很不寻常的传染性癌症形式,也会教我们关于癌症的发展重要的教训。我们观察的是不仅仅是一个类的癌症折磨的袋獾;我们凝视同一癌症起源于一个魔鬼,大约20年前,癌症一直幸存下来的原来的主人。

“研究而言,这确实是独特的——它将提供前所未有的窗口进化的癌症,”斯特拉顿教授补充说。