互动平台有助于识别制药癌症的突变

克利夫兰Clinic-led团队的研究人员已经开发了一个个性化基因组医学平台,将有助于推动基因组医学研究和genome-informed药物发现,根据新的研究结果最近发表在基因组生物学。

被称为我个人Mutanome (MPM)平台特性交互式数据库,提供洞察体细胞突变的作用(获得突变不能传递给后代)在癌症和重视突变可能对药物疗法。

“尽管测序技术的进步赋予丰富的癌症基因组数据,功能之间的转化桥梁大规模基因组研究和临床决策缺乏,”说Feixiong程博士助理人员基因组医学研究所,该研究的主要作者。“MPM是一个功能强大的工具,可以帮助识别小说功能基因突变/药物靶点和癌症生物标记物,从而加速进展癌症精密医学。”

构建一个综合癌症突变数据库

通过临床数据,研究者综合近500000突变来自10800多个肿瘤外(蛋白质编码基因的一部分)在33癌症到平台。然后系统的映射突变超过94500蛋白质-蛋白质之间的关系(质子泵抑制剂)和311000多功能性蛋白质网站(蛋白质彼此身体绑定)和注册病人生存和药物响应数据。

在实践中,该平台分析基因突变之间的关系,蛋白质、质子泵抑制剂、蛋白质功能和药物来帮助用户轻松地搜索网站临床可行的突变。MPM数据库特性三个交互式可视化工具,提供了两个——和三维视图的体细胞突变及其相关生存和药物反应。

突变影响人类interactome与癌症有关

从另一项研究发表在“结果自然遗传学,克利夫兰诊所和其他机构之间的合作,积极开发mutanome平台,”郑博士说。

先前的研究与疾病发病机理和发展为突变/变化,扰乱人类interactome,质子泵抑制剂或蛋白质的复杂网络,影响细胞功能。突变可以扰乱网络通过直接改变蛋白质的正常功能(nodetic效应)或通过改变质子泵抑制剂(edgetic效应)。

值得注意的是,在研究由约瑟夫•Loscalzo医学博士,妈,医学部门的主席布里格姆与妇女医院,哈佛医学院,他们发现体细胞突变发生高纯度,质子泵抑制剂。他们还展示了PPI-perturbing突变与药物敏感性或耐药性密切相关以及贫困癌症患者的存活率。

“我们的自然遗传学发现,连同先前的研究,提供概念验证nodetic和edgetic体细胞突变在癌症的影响,”程博士解释道。“我们从研究启发我们开发一个系统生物学工具,通过映射突变PPI接口和蛋白质功能的网站和集成生存和药物响应数据,确定了cancer-driving和可操作的指导个性化治疗和药物发现突变。”

下一个步骤

集体,MPM使更好地理解基因突变在人类interactome网络层面,这可能导致癌症基因组学新见解和治疗,最终帮助实现个性化护理对癌症的目的。团队将每年更新MPM提供研究人员和医生最完整的数据。

“我们的自然遗传学研究还证明了nodetic和edgetic突变/其他疾病的变化的影响,”程博士补充说。“下一步,我们正在开发新的人工智能算法将这些基因组医学的发现转化为人类genome-informed药物目标识别和精密医学药物发现。,蛋白质抑制剂)对其他复杂疾病,包括心脏病和阿尔茨海默病。”

参考:方周Y,赵J, J, et al。我个人mutanome:计算基因组医学平台搜索网络扰动等位基因的基因型与表现型。基因组医学杂志。2021年。doi:10.1186 / s13059 - 021 - 02269 - 3

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