JBEI科学家解开系统的基于工作流

研究人员在美国能源部(DOE)的年代联合生物能源研究所(JBEI)与加州大学的研究人员合作,圣地亚哥,开发出了一种工作流集成各种组学数据和公司模型来研究生物燃料生产的影响微生物宿主。组学技术的发展,如代谢组学和蛋白质组学和系统生物学极大地提高我们理解生物现象的能力。

不过大组学数据的解释成有意义的“知识”,以及理解复杂的工程微生物代谢的相互作用仍具挑战性。这个新的开源工作流公司集各种组学数据和模型驱动的从视觉过渡到概念设计工作表型。

研究结果发布在一篇名为《描述变化工程大肠杆菌使用基于multi-omics工作流”发表在细胞系统。JBEI Taek很快Lee的代谢工程和副主任燃料合成部门副总裁是这项研究的共同通讯作者连同困扰Bernhard Palsson加州大学圣地亚哥。在JBEI伊丽莎白Brunk(以前,目前在加州大学圣地亚哥分校)是这项研究的co-first作者在凯文·乔治JBEI在a公司(目前)。

李的团队分析了从八大组学数据集工程菌株产生三种不同的生物燃料,应用工作流的角色候选基因,通路,和生化反应在观察实验现象,最后用这种方法促进与提高的突变株的施工效率。

“合成生物学和系统生物学已经被认为是两种截然不同的技术框架。我们希望这两个领域的融合将生物燃料研究及其科学界中受益,”李说。“我们的团队分享此工作流作为一个开源工具的形式iPython笔记本,允许任何人在微生物工程领域容易地应用这个工作流系统”。