大规模蛋白质组学研究发现11 Pan-Cancer分子亚型
一项新的研究,分析蛋白质含量在2002年主要来自14个组织的癌症的肿瘤类型确定了11个不同的分子亚型,提供系统化的知识,大大扩展检索在线数据库,已经成为全球的癌症数据分析用户的平台。
的伯明翰阿拉巴马大学癌症数据分析门户,或者UALCAN、开发和发布2017年公共使用的用户友好的门户pan-cancer组学数据分析,包括转录组、表观遗传学、蛋白质组学。UALCAN已有近920000网站的访问量来自100多个国家的研究人员,并引用超过2750次。
“UALCAN是为了综合癌症数据分发给研究者和临床医生在一个用户友好的格式进行发现和找到针在干草堆,”说Sooryanarayana Varambally阿拉巴马大学,博士,教授病理学系分子和细胞病理学分工和主任UAB平移肿瘤病理学研究项目。“癌症检测、诊断、治疗和研究需要一个全球团队的努力,和理解大量的数据需要分析和解释这些数据的一种方式。”
癌症是一种复杂的疾病,它的起始,进展和转移,扩散到遥远的器官,包括动态分子变化的每种类型的癌症。个人癌症患者显示除了一些常见的基因变化的事件。
在新的研究中,Varambally与长期合作者乍得Creighton博士,贝勒医学院,休斯顿,德克萨斯州。克莱顿领导了蛋白质组学研究,2002年发表在《自然通讯”,Proteogenomic表征人类癌症揭示pan-cancer分子亚型和相关的通路。“这延伸两个早期蛋白质组学研究在2019年和2021年出版。
以前执行的团队RNA转录分析,通过UALCAN提供研究人员的数据,来确定哪些途径无数癌症使用援助增长,传播和侵略性。最近的研究,团队执行和整合大规模蛋白质组学分析。数据和结果为进一步的研究提供新思路和可能的治疗干预措施。
蛋白质组是补充蛋白质表达的细胞或组织,而这些可以测量定量质谱仪通过最近的技术进步。信使rna在细胞,DNA使mRNA,使蛋白质、过程称为分子生物学的中心法则。蛋白质是细胞的主要功能半个,细胞代谢的关键,结构、增长、信号和运动。
中癌症UALCAN蛋白质组学数据集包括乳腺癌、大肠癌、胃癌、胶质母细胞瘤,头部和颈部,肝、肺腺癌、肺鳞、卵巢癌、胰腺癌、小儿大脑,前列腺癌、肾、子宫癌症。癌症肿瘤的数量在每个类型的研究范围从76年到230年,平均143。有趣的是,pan-cancer proteome-based亚型,目前研究发现跨越肿瘤血统。
纲要蛋白质组数据集来自17个人研究。
相应multi-omics数据可用于大多数的肿瘤,包括mRNA水平,DNA体细胞突变和插入/删除小,体DNA拷贝数变化。
一般来说,研究人员发现基因的蛋白表达在肿瘤广泛与相应的mRNA水平或拷贝数变化。然而,有一些明显的例外。
每个亚型表达特定基因类别,一些在以前见过的,不全面的蛋白质组学研究。子三个亚型显示新基因类别:s7与“轴突导向”和“卷曲的约束力”的基因,亚型s10“DNA修复”和“染色质组织”基因和亚型s11“突触”,“树突”和“突”的基因。
DNA水平上,研究详细差异proteome-based亚型在整体基因的拷贝数的改变,和体细胞变异亚型与途径活性更高,推断出的蛋白质组或转录组数据。
“我们的研究结果提供了一个框架来理解癌症的分子景观在蛋白质组水平集成和比较数据与其他分子相关的癌症,”Varambally说。”相关的数据集和能够协会代表科研界的资源,包括帮助确定候选基因功能研究和进一步发展的候选人作为诊断标记或治疗癌症的特定子集的目标。
“此外,这一研究强化了认为癌症应该全面调查了在蛋白质水平,虽然表达谱在肿瘤历来主要局限于RNA转录水平。许多分析在这个不断发展的癌症数据分析平台是基于用户或者专家请求,和团队的支持和鼓励研究人员利用这个平台的发现在癌症研究中发挥作用。”
UAB的网站的一些大型数据集是由财团像癌症基因组图谱,或,TCGA、和临床肿瘤蛋白质组学分析财团或CPTAC美国国家癌症研究所。自从研究者还努力解决癌症健康差异,UALCAN提供了一个选项来分析数据基于病人的种族,是可用的。
精确定位的癌症需要标识个人或子类特有的基因组和分子改变。帮助癌症研究人员执行各种数据分析,更好的理解这些大型数据集,沾光Shimoga Chandrashekar博士领导的发展UALCAN门户Varambally的指导下。更新这个门户最近发表在不断进化瘤形成。
UALCAN倡议及其不断发展涉及到从一个专家小组贡献包括bioinformaticians,计算机科学家,统计学家,癌症生物学家、病理学家和肿瘤学家。“这是一个团队的科学方法,使全球癌症研究小组解决,“Varambally说。
参考:陈张Y, F, Chandrashekar DS, Varambally年代,Creighton CJ。Proteogenomic描述2002年的人类癌症揭示pan-cancer分子亚型和相关的通路。Nat审稿。2022;13 (1):2669。doi:10.1038 / s41467 - 022 - 30342 - 3。
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