映射的蛋白质的世界

在早期的x射线晶体学获得所需的一种蛋白质三维模型线模型、螺丝、螺栓和多年的繁琐的手工计算,但现在一天ARP /经软件可以建立大分子通过计算机模型。

由维克多Lamzin汉堡边防哨的欧洲分子生物学实验室(EMBL)和Anastassis Perrakis在荷兰癌症研究所(NKI)在阿姆斯特丹,ARP /变形是目前全世界使用的2000多名研究人员。

这个软件的功能将进一步扩大与从美国拨款超过800000美元美国国立卫生研究院的。

“超过1000来自50多个国家的研究实验室持有ARP /经许可和今年6月我们的论文描述了ARP的关键创新功能/经自然结构生物学在1999年已经达到了1000年的神奇数字科学文献引用。这创造了一个令人难以置信的进一步推动科学发展,”Lamzin说。

“新资金给了我们一个大力推进软件的能力识别和区分不同类型的高分子对象,例如DNA,并改善结构模型的自动生成。”

“ARP /扭曲了全球结构生物学家的生活更容易,更因此一旦实现了新功能计划在美国国立卫生研究院资助。”

ARP /经转换电子密度图,生产实验,轰炸蛋白质晶体x射线,成三维结构。

“x射线实验导致衍射模式不能解释使用我们的眼睛,“Lamzin说。

“这些必须重建三维图像通过数学和模型。这是一个非常繁琐、耗时、和主观过程。”

这个格兰特将允许科学家们探索的概念模型和软件可以处理的数据范围扩大。

ARP /经很好处理高分辨率的数据,允许区分单个原子,但大部分的数据,科学家们必须处理低质量。

软件处理低分辨率数据稳步改善,和Lamzin Perrakis进一步知道如何伸展。

“在结构生物学的高通量革命使我们的工作越来越复杂的问题与人类健康相关,“Perrakis说。

“知道分子的结构起着至关重要的作用在癌症、心血管和神经退行性疾病和分子从致病细菌或病毒将有助于设计新的革命性的治疗策略。”

实现这一目标,科学家打算研究蛋白质绑定到不同的晶体药物或包含不同类型的大分子。

“ARP /变形需要满足两个方面的挑战:首先,它必须能够处理低分辨率结构信息,3.0到3.5埃的范围内,其次,产生的模型必须完成和确认,“Perrakis总结道。

“新的国家卫生研究院拨款将帮助我们这些目标的方法。未来的研究人员能够专注于结构分析而不仅仅是建筑的结构和谁知道呢,通过结合ARP /经纱与新的细胞成像技术我们可以模型完整细胞的分子。”