满足“科学家不夜城”

研究人员已经开发出一种新的AI-driven平台,可以分析出病原体感染我们的细胞是如何训练的生物学家的精度。

这个平台,HRMAn(“赫尔曼”),即主机响应微生物分析,是开源的,易于使用的,可以针对不同的病原体包括沙门氏菌血清。

由弗朗西斯·克里克学院和伦敦大学学院的科学家们HRMAn使用深层神经网络来分析复杂的模式的图像病原体和人类(主机)细胞相互作用,拿出同样的详细特征,科学家们做手工。该研究发表在开放获取期刊eLife,其中包括一个链接下载平台,访问教程视频。

这位科学家不夜城

“什么曾经是一个手册,非常耗时的任务为生物学家现在需要我们几分钟电脑,使我们能够了解更多关于传染性病原体和我们的身体如何应对他们,更快,更准确地说,“伊娃说Frickel,克里克组长,负责这个项目。“HRMAn宿主-病原体相互作用可以看到像一个生物学家,但与美国不同的是,它不累了,需要睡觉!”

展示的力量HRMAn——KNIME平台上运行团队用它来分析人体应对刚地弓形虫,寄生虫,在猫和复制被认为是由超过三分之一的世界人口。

克里克的高通量筛选设备的研究人员收集了超过30000个显微镜图片五个不同类型的人类感染弓形虫的细胞和加载到HRMAn进行分析。HRMAn检测并分析了超过175000个pathogen-containing细胞隔间,提供详细信息的数量每细胞寄生虫,寄生虫在细胞内的位置,又有多少细胞蛋白相互作用的寄生虫,在其他变量。

彻底改变实验室工作

“以前的宿主-病原体图像分析自动化的尝试未能捕捉这种级别的细节,”亚瑟Yakimovich说,在杰森Mercer的实验室研究助理MRC LMCB UCL和co-first研究》一书的作者。“用同样的算法运行的自动驾驶汽车,我们创造了一个平台,促进高容量的生物数据分析的精度,而我们能做的在实验室里有了翻天覆地的变化。AI算法平台评估基于图像数据时派上用场的方式训练专家。它也很容易使用,即使是科学家没有编码的知识。”

该小组还HRMAn分析使用沙门氏菌血清——一个细菌病原体16倍小于弓形虫,展示它的多功能性研究不同的病原体。

“我们的团队使用HRMAn回答特定的宿主-病原体相互作用的问题,但它也有深远的意义领域外,”丹尼尔说,克里克博士生和co-first研究》一书的作者。“HRMAn可以分析任何荧光图像,这使得相关的生物学的很多不同的领域,包括癌症研究。”

这篇文章被转载材料提供的弗朗西斯·克里克研究所。注:材料可能是长度和内容的编辑。为进一步的信息,请联系引用源。

参考:费,D。Yakimovich,。深谷,B。赖特,J。班扬,M。豪厄尔,M。,…Frickel,大肠(2019)。宿主-病原体交互使用一个人工智能定义工作流。ELife 8 e40560。https://doi.org/10.7554/eLife.40560