从Formalin-Fixed代谢组学分析,肿瘤石蜡包埋组织使用有针对性的LC / MS / MS:在肉瘤中的应用

文摘
onco-metabolomics试图确定相对较新的领域的各种癌症表型和全球代谢物含量之间的关系。以前的代谢组学研究利用核磁共振光谱学或气相色谱/质谱法,并分析了在尿液和血清代谢产物存在。然而,直接代谢组肿瘤组织的评估是很重要的决定癌症的代谢发生改变。在这方面,从档案标本获得可靠数据的能力是可取的,迄今还没有被报道。在本可行性研究,我们演示极性代谢物的分析提取直接从十formalin-fixed,石蜡包埋(FFPE)标本,包括5个软组织肉瘤和五个正常配对样本。使用有针对性的液体chromatography-tandem质谱(LC / MS / MS)通过选择反应监测(SRM),我们在样品检测平均106种代谢物具有优良的再现性和相关性的不同部分相同的标本。无人监督的层次聚类和主成分分析可靠地恢复先验已知肿瘤和正常组织表型,并监督分析确定代谢标记文献支持的候选人。此外,我们发现不同的生化过程检测代谢物的列表的优秀代表。

这篇文章是发表在PLoS ONE,自由访问。