人类肺部释放最全面的单细胞的地图

最大和最全面的人类肺细胞地图宣布自然医学今天(6月8日)。揭示了伟大的肺部细胞类型的多样性和健康和疾病之间的关键差别,人类肺细胞图谱将为肺人员是一个宝贵的资源。

通过结合近40项研究所积累的数据,研究人员来自威康桑格研究所,亥姆霍兹慕尼黑大学医学中心的格罗宁根,和他们的合作者创造了第一个综合单细胞阿特拉斯的肺,露出罕见的细胞类型和突出细胞健康的人之间的区别。此外,研究发现常见的肺纤维化之间的细胞状态,癌症和COVID-19,提供了解肺部疾病的新方法,它可以帮助确定新的治疗目标。

这项研究是全球的一部分人类细胞阿特拉斯* (HCA)倡议地图输入人体每个细胞,改变我们对健康的理解,感染和疾病。

肺癌研究大大受益,从最近的单细胞研究表明哪些基因活跃在每一个细胞。尽管如此,到目前为止的研究有限样本的数量和个人包括/研究。

现在,一个大型的研究小组已经成功地结合49肺数据集,从近40个独立研究,成一个单一的综合地图集,使用先进的机器学习。池和集成数据集的每一个主要的单细胞RNA-sequencing肺癌研究到目前为止,球队创造了第一个人类肺细胞图谱集成。这个地图集时间跨度超过240万个细胞从486个人和肺生物学提供了新的见解,之前是不可能做到的。

“全面器官图集需要很多数据集来捕获细胞和个人之间的多样性,但结合不同的数据集是一个巨大的挑战。我们开发了一个基准测试管道找到最佳的方法来将所有数据集成到阿特拉斯,使用人工智能,结合知识和来自近40以前的肺癌研究的数据。包括数据来自一百多个健康人来说,地图显示肺细胞从个人的差异不同年龄、性别和吸烟史。”

Malte Luecken博士这篇论文的主要作者,组长在计算生物学研究所和肺部健康和免疫研究所亥姆霍兹慕尼黑

“获得精制肺atlas帮助我们理解细胞的呼吸系统和景观将使我们能够更好地了解疾病,如COVID-19或哮喘、发生和如何避免它们。是什么让我们的研究如此重要的是大量的数据分析,从超过400个人的信息,和40多个数据集,其中许多威康基金会桑格研究所开发。”

Kerstin梅尔博士主要的科学家细胞遗传学的团队威康基金会桑格研究所

虽然人类肺细胞阿特拉斯的核心是数据从健康的肺,该小组还将数据集从超过10个不同的肺部疾病,预计这些到健康数据,了解疾病。

研究团队发现不同肺部疾病共同免疫细胞,包括发现的一个子集巨噬细胞(一种免疫细胞)共享类似的基因活动肺纤维化,癌症和COVID-19。共享状态表明,这些细胞可以发挥类似的作用在所有三种疾病肺部疤痕形成,并为潜在的治疗靶点提供指针。

“这是第一个比较健康和病变的肺在一项研究在一个集成的方式。我们的研究不仅支持COVID-19肺纤维化的存在,它允许我们识别和定义一个共享的细胞状态之间肺纤维化,COVID-19和肺癌患者。发现这些共同抵抗细胞是非常激动人心的,揭示了一个完全不同的看待肺部疾病的方式,开放新的治疗靶点的可能性和发展生物治疗反应。我们的研究结果还表明,治疗疾病为一个乏味的人工作可以帮助减轻他人。”

卡坦Nawijn教授这篇论文的主要作者和教授荷兰格罗宁根大学医学中心

肺Atlas集成项目是一个国际合作与近100合作伙伴来自60多个部门,包括关键人员从亥姆霍兹慕尼黑,格罗宁根大学医学中心,西北大学Feinberg医学院和桑格研究所。团队是人体细胞的一部分Atlas肺部生物网络* *,它起源于人类细胞的陈扎克伯格倡议种子网络图谱,肺和欧盟资助的网络,DiscovAIR。在2020年COVID-19开始流行,单细胞肺社区迅速聚集在一起,形成了HCA肺生物网络来帮助理解COVID-19,然后导致了全球努力所bet188真人有的数据集成。

“我们的研究提供了人类肺癌的第一参考图谱,并对一个完整的人类细胞阿特拉斯一个重要的里程碑。这个新的地图集大大扩展我们的理解健康的肺和揭示疾病的变化。它也将成为一个有价值的参考分析未来的肺数据,因为它不仅映射出新颖的细胞状态和过程,还生成细胞类型的共识。”

萨拉博士们,这篇论文的主要作者从威康基金会桑格研究所的人类细胞图谱组委会主席

第一个在人类细胞Atlas项目集成的主要器官,人类肺细胞阿特拉斯是全球公开可用的人员,作为中央资源研究肺在健康和疾病。

参考:Sikkema L, C Ramirez-Suastegui, Strobl直流,等。一个集成细胞阿特拉斯的肺在健康和疾病。Nat地中海。2023:1-15。doi:10.1038 / s41591 - 023 - 02327 - 2

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