信使rna概要文件独立预测前列腺癌预后

高级研究院的研究员领导的研究小组研究的系统生物学中心西蒙斯在普林斯顿mRNA的微阵列数据分析两组独立的前列腺癌患者,发现肿瘤展现茎状的签名与p53和PTEN失活是非常贫穷的生存结果的说明。

分类系统,其中包括许多不同的表达谱分组,是独立于格里森评分。阿诺德·j·莱文,医学博士,和他的同事们描述他们的研究结果在《美国国家科学院学报》上发表的一篇论文中题为“前列腺癌的分子分类使用策划签名。”
前列腺癌预后的最佳电流指示器格里森评分很高,这是决定肿瘤的病理学部分中,研究人员解释。然而,相当数量的患者低格里森评分继续发展积极的疾病和有可怜的生存。

其他癌症,如乳腺癌,与此同时,信使rna的微阵列分析可以用来帮助定义子类的疾病,和胚胎干细胞(ESC)基因在乳腺癌已被证明与p53基因突变与乳腺癌的子类与贫穷相关的结果。独立工作,与此同时,为诱导多能干细胞(iPSC)表达式定义签名,和polycomb专制complex-2 (PRC2)。
鉴于这些表达式签名,特别是ESC签名,可以帮助提供为乳腺癌预后信息,研究人员推测,应该也有可能同样的方法适用于其他类型的癌症,特别是前列腺癌。

进一步评估这个他们看着最近发表的微阵列数据集描述从观察等待队列招募了281名前列腺癌在瑞典在1977年至1999年之间,与相关的临床资料,包括年龄、格里森评分,癌症特异性死亡率,和生存时间。肿瘤检测一组不同的转录签名资料发表在《文学代表具备干细胞特性,和无监督聚类分析。同样的分析过程是150年然后进行前列腺肿瘤样本从一个独立的数据集纪念斯隆-凯特林癌症中心的病人。

基于先前的研究表明一个ESC签名与p53突变密切相关,预后很差的结果,团队的瑞典队列的初始分析关注是否有肿瘤表达了ESC, iPSC或PRC2签名。ESC签名确认在肿瘤的13%,其中很大一部分还高格里森评分。iPSC签名,在大约30%的肿瘤,被发现在格里森评分的范围。这一发现与之前不同的评价乳腺癌,这表明ESC和iPSC签名更密切相关,作者指出。与ESC签名相比,PRC2签名在肿瘤的44%,更有可能在那些低格里森评分。

此外,当肿瘤被聚集到单独的ESC, PRC2,不定(即。,没有明显的浓缩签名)组,平均格里森评分显著低于PRC2比ESC肿瘤,肿瘤和ESC肿瘤较贫穷的生存。
下一阶段是研究内的分子途径积极组织,所以研究人员分层281前列腺肿瘤使用库不同的基因表达特征来源于大量的微阵列数据集。”特别是,我们制定签名表明p53和PTEN功能,存在TMPRSS2-ERG基因融合,核扩散和MYC目标激活,RAS途径活性,和炎症信号,”研究小组指出。无监督聚类分析导致前列腺癌的五代集群,最重要的是丰富了基于签名。

这些都是:ESC | p53−| PTEN−(也称为茎状),TMPRSS2-ERG融合,细胞因子| RAS |间质(也称为inflammatory-like),过渡,PRC2(也称为differentiated-like)。干细胞组(大约11%的群体)与最贫穷的生存,和包含绝大多数致命病例。TMPRSS2-ERG融合签名组(18%的病例)与另一生存的结果。其余三组有统计学上类似的生存状况。

事实上,患者干细胞和融合组高3.3倍,1.8倍高死亡率的风险比其他病人三组。此外,患者的200 6和7的格里森评分,患者茎状的概要进行2.7倍死于这种疾病的风险更高,增加患者的1.9倍是融合。“一起,ESC | P53−| PTEN−组和TMPRSS2-ERG集团占40%的前列腺癌死亡在这项研究中,”作者写道。”事实上,ESC | P53−| PTEN−组和格里森评分高的子群都有非常相似的预测能力生存。”

样品在瑞典队列获得临床使用的“非典型的”方法,包括经尿道前列腺,石蜡包埋组织,测量6144个基因的Illumina公司定制芯片。团队因此重复他们的签名资料分析的第二个纪念斯隆-凯特琳癌症中心的临床相关的样本群,获得在根治性前列腺切除术,用来进行,分析了Affymetrix人类外显子芯片。与瑞典的研究相比,斯隆凯特林数据集显示不同的统计参数,包括平均格里森评分较低,高档肿瘤的比例要低得多,平均年龄较低的诊断。此外,存活时间记录但严格审查,只有一个死于前列腺癌发生在五年的研究期间。

斯隆凯特林签名分数计算基因片段的浓缩进行分析和无监督聚类,与瑞典的数据集,和样品分层分为四个稳定的组织,协会模式来瑞典套非常相似。这导致一组分为ESC | | (P53−) PTEN−,它由类似于干细胞样肿瘤干细胞组在第一集。在这个组有微弱信号损失P53功能,但这并不重要,可能由于小签名大小,或年龄越早诊断(如前列腺癌中P53突变迟到事件),作者指出。也有TMPRSS2-ERG融合集团差异化PRC2组,和一个细胞因子|过渡小组,这是与联合细胞因子| RAS |间质,在瑞典的数据集和过渡亚型。

与前面的分析,存在最激进的癌症干细胞组,包括转移性肿瘤样本的70%,和与PSA明显短时间复发,格里森评分高。融合组的中间,而细胞因子|过渡小组是良性的。分化组(包括PRC2) 9%的转移性样品,和包括20%的转移事件,与融合组,研究人员指出。总的来说,ESC | | (P53−) PTEN−组包含17%的病例复发或转移性疾病和融合组33%;有效地记录在所有此类病例的50%五年随访期间。

“考虑到广泛的两个群体之间的差异,我们观察到一个了不起的分子之间的对应配置文件及其相关结果在两组中,“作者的状态。“这项工作是一个独特的前列腺肿瘤分类到子组截然不同的生存结果基于微阵列数据。分析可以检测两种结构不同的组患者携带风险增加,茎状的肿瘤是最激进的亚型,在两个完全不同的数据集和不同采样技术。“这分类是独立的格里森评分,因此提供了有用的独特的分子为前列腺癌预后资料,帮助贫穷的结果来预测患者低或平均格里森评分。”