MultiAlign:多个质分析工具进行有针对性的组学分析

背景:
MultiAlign是一个免费软件工具,将多个液体色谱-光谱数据集到另一个集群内质量和色谱洗脱特征数据集。适用于label-free蛋白质组学和代谢组学的比较分析,软件可以在多个操作模式。例如,可以匹配参考数据库集群特性识别分析物,用于生成丰富资料,基于父前体与串联质谱质量,和扑杀目标液体chromatography-tandem质量光谱分析。MultiAlign也能够串联质谱聚类来描述蛋白质组结构和找到相似性在随后的运行实例。

结果:
MultiAlign应用于两个大的蛋白质组学数据集从液相色谱-光谱法分析环境样品中获得。肽在微生物群落的数据集,已知metagenome被确定通过匹配质量和洗脱时间特性的一个参考肽建立数据库。与获得的结果优于使用现有的工具,如毒蛇,但能够跟踪集群的好处现有串联质谱肽的条件。MultiAlign进一步应用于检测集群在实验样本来自一个反应堆生物量没有metagenome可用的社区。几个集群中进行进一步分析探讨群落结构的变化。最后,MultiAlign应用于液相色谱- spectrometry-based数据集从先前发表的研究中获得野生型和线粒体脂肪酸氧化的酶可拆卸的突变体人类肝癌的证明其效用分析代谢组学数据集。

结论:
MultiAlign软件包是一种有效的寻找类似的跨多个液体色谱-光谱法分析物功能地图,作为蛋白质组学和代谢组学实验证明了这里。软件是特别有用的蛋白质组学研究很少或没有基因组上下文,例如环境蛋白质组学。

这篇文章发表在《BMC生物信息学和是免费的访问。