肺癌的诊断和预后的新生物标志物
应用生物信息学解决生物学问题。这是大学的研究小组的目标马拉加“BI4NEXT”,在它的一个最新研究开发的超级计算和世界先导中心(大堡礁)生物样本的基础上,确定了新的生物标志物的诊断、预后,甚至治疗肺癌。
发现发表在《科学》杂志上PeerJ,因为它证明了癌细胞和健康细胞的重复DNA区域,主要由转座子fosils,一致,差异表达方式控制。
“自2010年以来,我们一直相信重复元素在健康细胞处于休眠状态,当细胞变成癌细胞,这些地区放松,疯狂地表达,导致抗治疗”,解释了教授冈萨洛克拉罗斯乌玛分子生物学和生物化学的断言,他的研究支持这也许不会是这样,重复序列在正常和肿瘤组织专门表达和监管。“我们所做的证据是,这样的控制变化当正常细胞变成癌细胞”,他说。
因此,乌玛的研究小组已经发现了一些重复的地区有类似情况在所有患者和所有类型的肺癌的研究。这是AluYg6和LTR18B元素的情况下,压抑的所有肺癌细胞,和HERVK11D-Int UCON88元素,激活尤其是腺癌和小细胞肺癌,分别。
生物信息学研究上等待验证在实验室,但是它代表了更近一步的确认诊断肺癌,以及一个新的专家的信息来源,可扩展到所有疾病的遗传因素。
新的生物标记物来源
“BI4NEXT”的研究人员提出研究重复的元素——比50%的基因组,作为一种新的生物标记物的来源,还几乎没有利用。因此,他们强调准确性和成本和节约时间,来自这些表达标记的分析,除了基因组突变,基于高通量测序。
将它转化为临床应用是这组科学家面临的挑战,作为一个潜在的解决方案,提出使用液体活检找到重复的转座子序列,它像前面解释的那样表达一致。此外,“诊断鲁棒性会增加,需要更少的时间和样品部分”,指出克拉罗斯。
在这项研究中,研究人员近3年相比健康组织和肿瘤组织相同的肺癌患者分析通常表现在组织不同的病人。生物样本来自韩国的50位病人和17个病人来自中国,基于公共数据库,最终8地区医院的病人通过生物库马拉加加入。
“通过测序的八个病人从马拉加的生物,使用等目的的高通量测序平台大堡礁和毕加索超级计算机,我们获得的数据验证其他数千病人与其他数据库”,分子生物学和生物化学的教授说,谁表明,此外,所有这些信息都提供给科学界。
玛卡瑞娜阿罗约,位肺脏地区医院的马拉加,是这项研究的主要作者,她开始在2013年的博士论文,教授的领导下冈萨洛克拉罗斯,加上曼努埃尔·卡波,肿瘤学家,Rocio包蒂斯塔,乌玛生物学和生物信息学博士学位专家。如今,这项研究是新研究的起点线像最近发表在科学文章PeerJ。
参考:阿罗约,et al。(2019)。生物标志物的潜在repetitive-element转录组肺癌。PeerJ7:e8277。DOI: https://doi.org/10.7717/peerj.8277
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