新的基因组技术揭示珊瑚转录组

使用新技术互补脱氧核糖核酸制备结合最新的测序方法,研究人员已经发现的幼虫转录组造礁珊瑚(鹿角)。他们的研究中,描述的开放获取期刊BMC基因组学、功能基因和遗传标记的最广泛的数据库目前珊瑚。

合作从德克萨斯大学奥斯汀分校的研究小组和印第安纳大学,由米哈伊尔•马和约翰Colbourne开发了一种新方法基于下一代454测序技术进行转录组分析。

以利Meyer称,主要作者在纸上,“我们的方法具体地址的问题,阻碍了454年的转录组测序,如均聚物(A / T),适配器构件,和不均匀记录报道”。

新方法需要1微克的总RNA,消除了需要strand-selection一步乳液聚合酶链反应之前,454年大2 - 5倍和结果序列输出比之前报道的尝试。迈耶说,“这些工具允许任何生物序列的快速发展资源以较低的成本——几周和几千美元”。

本文中概述的协议是454 - flx开发的。当前版本的协议(可以从作者的网站)已经修改和测试使用最新的“钛”版本的454年。

同时证明技术力量的方法,研究确定了大约11000个基因与已知的蛋白质序列相似性的基础上,超过30000标记的遗传变异,和许多的新候选基因与压力相关的流程。幼虫的鉴定转录组的广泛研究珊瑚将使研究生物过程潜在的应激反应在珊瑚和它们的进化适应全球气候变化。