新方法可以研究基因活性的胞外环境

当寻找疾病的起因和发展新的治疗方法,是绝对重要的有一个精确的基因基础的理解。维尔茨堡为此研究人员设计了一项新技术。

病理过程通常的特点是改变细胞中基因活性的影响。所以,获得一个精确的基因活动的照片可以提供关键的发展新的靶向治疗。这些疗法是否工作,以便我们希望他们也可以验证通过观察基因和他们发起的流程。

难怪研究集中在方法和技术,提供单个细胞的基因活动的详细信息。维尔茨堡大学的研究小组(JMU)已经开发出一种技术,是一个重大的改进方法。感染的分子生物学研究所的科学家们(IMIB)和亥姆霍兹RNA-based感染研究所(HIRI)。他们的结果提出了在最新一期的杂志工作核酸的研究。

一个合成的转录组的分析

“我们已经开发出一种技术,可以用来分析一个完全可定制的的平移景观合成转录组,换句话说在细胞外,“是Jorg沃格尔中央研究结果解释道。沃格尔头感染分子生物学研究所主任JMU也是HIRI以及这项研究的主要作者。这项新技术已被科学名字INRI-seq,简称体外Ribo-seq。

转录组是一个集合的所有基因活跃在细胞在一个给定的时间点。它包括现有的和mRNA的转运蛋白蓝图核糖体蛋白质从细胞核。核糖体是细胞的“蛋白质工厂”;这就是信使rna的核苷酸序列翻译成蛋白质的氨基酸序列。

比较方法的改进

原则上,INRI-seq是可比的细化方法,追求相同的目标,但提供不准确的结果或有其他缺点。例如,RNA序列(RNA-seq)决定了细胞内信使核糖核酸的浓度,使结论是对他们的活性基因。然而,最终的蛋白质丰度并不总是与各自的信使rna浓度。

更准确的方法是核糖体分析(Ribo-seq)。在过去的十年里,这已经成为一个主要的方法来测定蛋白质合成直接transcriptome-wide的方式。“虽然Ribo-seq大大先进的研究与翻译相关的流程、方法并非没有限制,”Jorg沃格尔说。

无数的局限性Ribo-seq

例如,它是一个主要的挑战与Ribo-seq检测弱表达基因,阻止许多基因被记录在共同研究设计。同样,从重要Ribo-seq研究微生物生态栖息地等人类肠道是困难的因为他们中的许多人无法在实验室中培养。

进一步的缺点,傅高义解释说,是“在机械的层面上,Ribo-seq-based分子影响翻译的研究,比如特殊的抗生素,可以受到细胞反应”。由于Ribo-seq进行活细胞,很难区分直接和间接对翻译的影响。

克服这些局限性,维尔茨堡的科学家们研制出了INRI-seq读全球翻译研究的环境。INRI-seq使用商用在体外翻译系统结合在体外合成,完全可定制的转录组,允许更好地控制个体的mRNA水平。例如,“INRI-seq translation-modulating不再是必要的物质穿过细胞膜或提取大量活细胞的核糖体,”沃格尔说,概述了该技术的优点。“你还需要少得多的往往昂贵的物质,你想学习,如一个新的抗生素,只能在小范围内产生。INRI-seq因此也节省了时间和金钱。”

实验的成功率更高

研究小组演示的系统是如何工作的综合使用生成的转录组的细菌大肠杆菌。类似的技术研究活细胞相比,INRI-seq确定了几乎四倍网站翻译过程启动,展示其高灵敏度。

因此,沃格尔和他的团队在毫无疑问,“INRI-seq熊巨大潜力作为替代方法为研究翻译过程,因此也可以影响这些过程的物质”。

参考:贺南洪J,荣格J,Ðurica-Mitić年代,Barquist L,傅高义J . INRI-seq使全球分析游离的翻译起始和反义抑制剂的脱靶效应。核酸Res。2022:gkac838。doi:10.1093 / nar / gkac838

本文从以下转载材料。注:材料可能是长度和内容的编辑。为进一步的信息,请联系引用源。