单细胞rna测序的新方法-不杀死细胞

研究人员提出了一种新的单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法，称为“Live-seq”，可以在不杀死细胞的情况下从单细胞中提取mRNA。该方法发表在自然．

rna测序介绍

从DNA编码到蛋白质的生物过程包括各种复杂的分子过程，包括转录将DNA转化为RNA，并且翻译将RNA转化为蛋白质。

RNA序列“镜像”了它们被转录的DNA序列。RNA-sequencing (RNA-seq)-一种分析RNA (mRNA, rRNA或tRNA，取决于所使用的协议)的总细胞含量的方法，因此可以帮助科学家探索细胞中哪些基因被“打开”或“关闭”。

RNA-seq的应用非常广泛;它可以用来确定哪些基因在特定状态下转录，如疾病，或在不同的发育阶段。

RNA-seq的早期方法采用了“批量分析”方法，即从样品中集体提取多个细胞进行分析。这里的问题是样本可能包含不同类型的细胞，这使得进行细胞特异性分析具有挑战性。的发展scRNA-seq已经帮助克服了这个问题，但需要分离的细胞被裂解-杀死它们。

一项新的研究由陈万泽博士他是EPFL的博士后Orane Guillaume Gentil博士来自苏黎世ETZ微生物研究所的教授，概述了一种新的方法-“Live-seq”-一种微创的scRNA-seq方法，在RNA提取过程中保持细胞存活。

Live-seq是如何工作的?

Live-seq的工作原理是使用一种被称为流体力显微镜(FluidFM)的微观技术。该方法利用极薄的显微通道来操作显微镜下样品中的少量流体。通过这种方式，科学家可以将物质插入单个细胞，或提取细胞质(包括mRNA)，而不需要采集它们。

“为了对Live-seq进行基准测试，我们使用细胞生长、功能反应和全细胞转录组读出来证明Live-seq可以准确地对不同的细胞类型和状态进行分层，而不会引起主要的细胞扰动，”作者说在出版物中写道．该方法使研究人员能够在特定时间将细胞的转录组与其分子表型联系起来，科学家们将其称为“时间转录组分析”。

“有了Live-seq，我们现在可以唯一地解决非常有趣和生物医学相关的问题，比如为什么某些细胞分化而姐妹细胞不分化，或者为什么某些细胞对癌症药物有耐药性，而它们的姐妹细胞也没有，”他说巴特·普拉ancke博士他是EPFL的教授和depancke小组的负责人，也是这项研究的合著者。

Chen和他的同事成功地在巨噬细胞被“激活”之前和之后，以及脂肪基质细胞(干细胞的一种形式)分化成脂肪细胞之前，测试了他们的新方法。

研究人员在发表文章的最后表示，他们预计Live-seq将“改变单细胞转录组学”，并可能影响其他组学技术，例如单细胞蛋白质组学而且代谢组学．

参考:陈伟，陈文杰，李志强，等。Live-seq能够对单细胞进行转录组记录．自然．2022.doi:10.1038 / s41586 - 022 - 05046 - 9．

这篇文章是重写的新闻稿由EPFL发行。材料的长度和内容都经过了编辑。