新的开源解决方案,高含量的分析筛选数据

GladiaTOX,一个新的开源解决方案的分析高含量筛查(高碳钢)数据在生物医学研究中,已经发布在网上Bioconductor平台。^1、2用R编程语言编写的,GladiaTOX使健壮和高效存储、处理、高碳钢的数据和报告,符合21世纪具有里程碑意义的毒理学项目。³的进化ToxCast管道(TCPL),创造了美国环境保护署,⁴GladiaTOX开发了菲利普莫里斯国际公司(PMI)与产品合作咨询(美国北卡罗来纳州达勒姆),作者的原始TCPL。

“GladiaTOX高碳钢的分析数据的一个一体化的解决方案,”Vincenzo Belcastro博士说,系统生物学,PMI。“它使高碳钢的标准化数据和可靠的,可再生的分析程序,便于快速决策制定过程。例如,领域的药物发现和毒性筛查,成千上万的数据点可以每天生成GladiaTOX允许研究人员快速和可靠的识别和优先考虑候选人的化学物质。达到这一目的,其独特的建模算法,其先进的报告工具,能够很方便地整合与外部的专有系统。”

符合21世纪毒理学,GladiaTOX支持动物研究的国际公认的“3 rs”——“替代、减少和细化”——通过提高体外高碳钢的再现性研究。⁵此外,由于GladiaTOX能够分析不同类型的高碳钢数据一体化的方式,它支持“3 s”的方法生物的理解——“系统化、系统性和系统”——的一个研究小组提出了机构包括美国食品和药物管理局,替代动物实验中心,欧洲委员会联合研究中心。⁶3 s方法建议观察生物体全部,而不是孤立地在特定的器官,通过体外实验和计算系统的集成。

除了功能可以通过TCPL, GladiaTOX包括网络服务层,允许简单的集成与外部第三方系统。它计算的最低有效浓度的化学物质基于历史数据验证,以及分数表明暴露于化学物质的毒理学严重性。它实现了一套先进的质量控制工具,处理和报告,包括出口广泛使用的结果格式化ToxPI图形用户界面。⁷

“GladiaTOX提供前所未有的力量、效率和可靠性分析的体外生成的高碳钢数据,”茱莉亚Hoeng说,博士,主任系统毒理学,PMI。“开放科学的精神,是完全透明和可再生的。PMI致力于确保我们的研究的透明度,我们的数据的可重用性,我们的研究结果的再现性。以及使GladiaTOX免费使用的科学界,我们最近也推出了间隔平台,全面研究数据存托风险降低产品设计,使容易评估的方法和结果,数据的重用,一代新假说”。

释放GladiaTOX PMI的最新里程碑是一个持续努力开发最先进的计算工具和与科学界分享。最近其他版本包括了计算流体动力学AeroSolved工具,模拟气溶胶的一代,他们的运输、进化,并沉积在肺部,GenSA, R包来处理复杂的优化问题,和RGraph2js网络和图形的动态可视化的工具。其他先进的计算工具的发展,将适时发布。

本文从提供的材料已经再版PMI科学。注:材料可能是长度和内容的编辑。为进一步的信息,请联系引用源。

引用:

1。https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/GladiaTOX.html。

2。Belcastro诉et al . 2019。GladiaTOX:全球评估Dose-IndicAtor毒理学,生物信息学,btz187。可以在https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz187在线。

3所示。国家研究委员会,2007年。毒性测试在21世纪:愿景和战略。国家科学院出版社。美国华盛顿特区。可以在https://doi.org/10.17226/11970在线

4所示。档人员,d . et al . 2017。为大规模筛选数据TCPL: ToxCast管道。生物信息学,33 (4),618 - 20。可以在https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw680在线

5。国家中心的替代、减少和动物研究的细化。3 rs。可以在https://www.nc3rs.org.uk/the-3rs在线。

6。Smirnova l . et al . 2018。3 s:系统性、系统性、和系统生物学和毒理学。ALTEX 35 (2), 139 - 62。可以在https://doi.org/10.14573/altex.1804051在线

7所示。赖夫,d . et al . 2013。ToxPi GUI:透明的交互式可视化工具集成来自不同数据源的数据的证据。生物信息学,29 (3),402 - 3。网上:doi: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts686