新的核糖核酸测序技术有助于揭示植物基因组中编码

生物技术和生物科学研究委员会(BBSRC)资助的团队是世界上第一个试图了解植物基因直接由RNA分子而不是DNA测序。他们的发现刊登在今天的《自然结构和分子生物学》杂志上。

生物学家的研究涉及一个团队之间的合作由詹姆斯·赫顿研究所的戈登·辛普森博士和邓迪大学的计算机科学家领导的教授杰夫·巴顿从Helicos邓迪大学科技集团在美国生物科学。

辛普森博士解释说:“许多基因通过编码蛋白质,但从DNA蛋白质是通过一个中间分子RNA。通过测序基因组的RNA可以看到哪些位制造蛋白质和基因在不同的细胞,在特定的时间。

“直到现在,人首先将它转化为DNA测序RNA。他们砍了,加上特殊的分子,然后因为没有足够的,他们一次又一次的复制碎片,最后测序。麻烦的是,所有这些步骤介绍偏差和错误。我们所做的有什么特别之处是,我们避免了所有这些步骤和直接测序RNA”。

这种技术可以让科学家哪里来的基因以前所未有的确定性。这是很重要的,原因有两个。首先它可以帮助我们找到个人基因组内基因,所以他们所做的事情。第二,它告诉我们一些关于细胞是如何表现的。细胞可以选择基因应该最终取决于基因应该做什么。例如切断基因在不同的点会影响植物的花。它已经变得很明显,最近这些选择发生广泛生物学:例如,有全球变化的基因在癌组织中结束。

辛普森博士继续“使用这种技术我们可以明确基因最终得分,计算多活跃基因和说链RNA复制的DNA双螺旋结构。令人惊讶的是我们发现基因重叠基因活动的占了一大部分。我们还发现新的结束成千上万的基因和基因发现全新的我们”。

大量的数据和过程所需的新方法的新颖性邓迪的计算机科学家。萨莎Sherstnev,做了很多的分析,来自一个背景在粒子物理学和曾在欧洲核子研究中心在寻找希格斯玻色子。他把经验必须满足要求的大型数据集的崛起生物学测序技术是由变化。

以及使科学家们能够理解基因组编码和活跃的基因是如何,直接RNA序列可能特别有用只有少数细胞可用的情况下,例如在处理病人样本。

邓迪队现在计划用他们的专业知识来了解其他基因组编码和疾病的变化。通过这种方式,他们可以帮助提供更大的准确性在rational作物改良。

BBSRC首席执行官道格拉斯·凯尔教授说,“这是一个很好的例子,如何掌握新技术和拥抱新生物学的工作方式可以提供宝贵的见解。这将是有趣的,这个团队指导他们的专长。”

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这个故事是基于本文拟南芥RNA的“直接测序揭示的乳沟和聚腺苷酸化”模式,可以发现在出版:http://dx.doi.org/10.1038/nsmb.2345。可能需要订阅。

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