新战略揭示MicroRNA基因调控的目标
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新方法将穿过的顽固问题确定小分子核糖核酸的目标——小但功能强大的核酸调整基因表达影响健康和人类疾病的许多方面,从早期发育和衰老到癌症,心脏病和糖尿病。
研究人员使用新的技术,称为HITS-CLIP,实验表明,在一个他们可以映射绑定点分数不同的小分子核糖核酸在住鼠标或人体组织的基因组。
这项研究由霍华德休斯医学研究所研究员罗伯特·达内尔和他的同事们唱钟旭Chi,朱莉藏,洛克菲勒大学和阿尔多Mele是6月17日报道,2009年,在一个先进的在线出版的《自然》杂志上。
“随着高通量测序,我们立即可以看到所有的微rna结合位点在信使rna,”罗伯特b .达内尔说。
达内尔认为,加速小分子核糖核酸的映射目标,这项技术可以缓解瓶颈RNA研究的新兴领域。他的团队已经使用这种方法识别目标和近90%的小分子核糖核酸的结合位点,老鼠大脑中调节基因的表达。
“第一近似,我们可以映射每个网站他们绑定到每个RNA转录,”他说。HITS-CLIP映射上收集到的信息可以帮助学习小分子核糖核酸如何影响疾病的发展,为新药物疗法和识别目标,达内尔说。
“知道特定的微RNA在细胞需要知道信使RNA结合,和完全结合,”达内尔说。但“现场遇到障碍时,发现什么任何微。”
因为小分子核糖核酸抓住他们的目标记录只有6个核苷酸。多次six-nucleotide序列可能发生在一个信使RNA,并找到实际的“足迹”是一个技术挑战。
达内尔解释说,问题是,信使RNA”就像一个长长的海岸线的港口,这是非常难以知道微码头。“生化和计算机预测方法是不完美的,他说,所以乏味寻找结合位点只能做实验,一次一个RNA。
得到一个更清晰的小分子核糖核酸信使rna相互作用的观点,达内尔和他的同事使用一种技术来研究protein-RNA交互生活,完整的细胞。HITS-CLIP,代表高通量测序-交联免疫沉淀反应,于2008年首次由达内尔实验室,并改善他们的夹在2003年的发展。剪辑依赖旧的实验室方法,本质上是“冻结protein-RNA复合物在活细胞内,”达内尔说。
冻结这些复合物,研究人员照紫外线到他们正在研究的细胞,导致所有的蛋白质和rna非常接近彼此成为交联,他们形成一个牢不可破的纽带。HITS-CLIP应用到蛋白质叫作Argonaute被证明是一个有效的方式揭示microRNA-messenger RNA相互作用。
Argonaute助攻小分子核糖核酸的监管活动自锁到一个microRNA并引导它,像一个拖船,码头上的信使RNA。紫外线交联锁Argonaute为一个复杂的小分子核糖核酸信使RNA的目标。
细胞是可以打破的开放与强大的清洁剂,冲走一切,但紧密地绑定rna和蛋白质。“然后我们去除蛋白质,”达内尔说,“我们剩下的微RNA和标签Argonaute蛋白质绑定到信使RNA。“测序的基因材料揭示Argonaute被绑定到微和信使RNA。
当这些数据集与生物信息学算法,处理掉出来的是小“足迹”信使RNA microRNA高度的地方。“随着高通量测序,我们立即可以看到所有的微rna结合位点在信使rna,”达内尔说。
他的实验室是人类脑部疾病感兴趣,他们一直在使用HITS-CLIP研究基因是如何监管的脑组织。他们首先HITS-CLIP应用于一组老鼠大脑和确定小分子核糖核酸的结合位点的90%比电脑更好的准确性和特异性的小分子核糖核酸的预测。
达内尔兴奋的前景,使用他的方法收集新的小分子核糖核酸调整基因如何定义的理解途径塑造发展和其他至关重要的过程。他还计划比较小分子核糖核酸的作用在健康和患病的大脑,并预计其他研究人员将进行类似的实验目录microRNA在其他组织和在不同条件下的相互作用。
研究人员使用新的技术,称为HITS-CLIP,实验表明,在一个他们可以映射绑定点分数不同的小分子核糖核酸在住鼠标或人体组织的基因组。
这项研究由霍华德休斯医学研究所研究员罗伯特·达内尔和他的同事们唱钟旭Chi,朱莉藏,洛克菲勒大学和阿尔多Mele是6月17日报道,2009年,在一个先进的在线出版的《自然》杂志上。
“随着高通量测序,我们立即可以看到所有的微rna结合位点在信使rna,”罗伯特b .达内尔说。
达内尔认为,加速小分子核糖核酸的映射目标,这项技术可以缓解瓶颈RNA研究的新兴领域。他的团队已经使用这种方法识别目标和近90%的小分子核糖核酸的结合位点,老鼠大脑中调节基因的表达。
“第一近似,我们可以映射每个网站他们绑定到每个RNA转录,”他说。HITS-CLIP映射上收集到的信息可以帮助学习小分子核糖核酸如何影响疾病的发展,为新药物疗法和识别目标,达内尔说。
“知道特定的微RNA在细胞需要知道信使RNA结合,和完全结合,”达内尔说。但“现场遇到障碍时,发现什么任何微。”
因为小分子核糖核酸抓住他们的目标记录只有6个核苷酸。多次six-nucleotide序列可能发生在一个信使RNA,并找到实际的“足迹”是一个技术挑战。
达内尔解释说,问题是,信使RNA”就像一个长长的海岸线的港口,这是非常难以知道微码头。“生化和计算机预测方法是不完美的,他说,所以乏味寻找结合位点只能做实验,一次一个RNA。
得到一个更清晰的小分子核糖核酸信使rna相互作用的观点,达内尔和他的同事使用一种技术来研究protein-RNA交互生活,完整的细胞。HITS-CLIP,代表高通量测序-交联免疫沉淀反应,于2008年首次由达内尔实验室,并改善他们的夹在2003年的发展。剪辑依赖旧的实验室方法,本质上是“冻结protein-RNA复合物在活细胞内,”达内尔说。
冻结这些复合物,研究人员照紫外线到他们正在研究的细胞,导致所有的蛋白质和rna非常接近彼此成为交联,他们形成一个牢不可破的纽带。HITS-CLIP应用到蛋白质叫作Argonaute被证明是一个有效的方式揭示microRNA-messenger RNA相互作用。
Argonaute助攻小分子核糖核酸的监管活动自锁到一个microRNA并引导它,像一个拖船,码头上的信使RNA。紫外线交联锁Argonaute为一个复杂的小分子核糖核酸信使RNA的目标。
细胞是可以打破的开放与强大的清洁剂,冲走一切,但紧密地绑定rna和蛋白质。“然后我们去除蛋白质,”达内尔说,“我们剩下的微RNA和标签Argonaute蛋白质绑定到信使RNA。“测序的基因材料揭示Argonaute被绑定到微和信使RNA。
当这些数据集与生物信息学算法,处理掉出来的是小“足迹”信使RNA microRNA高度的地方。“随着高通量测序,我们立即可以看到所有的微rna结合位点在信使rna,”达内尔说。
他的实验室是人类脑部疾病感兴趣,他们一直在使用HITS-CLIP研究基因是如何监管的脑组织。他们首先HITS-CLIP应用于一组老鼠大脑和确定小分子核糖核酸的结合位点的90%比电脑更好的准确性和特异性的小分子核糖核酸的预测。
达内尔兴奋的前景,使用他的方法收集新的小分子核糖核酸调整基因如何定义的理解途径塑造发展和其他至关重要的过程。他还计划比较小分子核糖核酸的作用在健康和患病的大脑,并预计其他研究人员将进行类似的实验目录microRNA在其他组织和在不同条件下的相互作用。
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