新工具致癌基因融合的目标

养护工作所需的科学基础的一类致癌突变在这里,一个工具的形式圣裘德儿童研究医院。计算生物学家在圣裘德全面分类和识别潜在的致癌机制在儿科癌症细胞融合。致癌突变致癌融合。研究人员表明,针对他们基因组编辑工具如CRISPR有可能治疗某些肿瘤。这项研究结果发表在今天自然通讯。

几十年来,肿瘤学家观察结合两个基因的突变,导致建立一个混合蛋白燃料癌症(融合致癌基因和癌基因蛋白融合)。针对融合使用药物显示一些成功,因为癌细胞依赖于融合蛋白。然而,这种方法遇到了困难部分源于缺乏了解如何融合工作和治疗的副作用。

“我们已经取得了一些类似于化学元素周期表致癌融合的类型,“说高级和共同通讯作者小兔马博士,圣裘德计算生物学部门。“通过编目的潜在机制,我们已经给了其他科学家能够研究融合在更好的细节。”

“现在好证实融合癌基因蛋白驱动许多小儿癌症,”说的共同通讯作者杰弗瑞Klco,医学博士博士,圣裘德病理学系。“马实验室综合致癌的全部频谱特征融合在儿童癌症,提供丰富的社会资源,挖掘开发更多预测临床试验同时表明潜在的治疗策略对于某些肿瘤类型。这将是一个非常有效的研究。”

的证据原则基因组编辑可以治愈致癌融合

许多癌症的问题由致癌融合是他们不能与现有的药物治疗。这通常是因为一个或两个正常的蛋白质产生的杂化基因在健康细胞至关重要。用药融合蛋白因此也损害健康的细胞,造成了严重的副作用。

但是新的圣裘德工具使用基因组编辑来治愈癌症奠定了基础。基因突变导致融合只是存在于癌细胞。这意味着一个非常具体的基因工程工具,如CRISPR-Cas9系统,可以有选择地切断癌细胞的融合基因——删除他们使混合蛋白质的能力,导致治疗。

“融合基因特定的序列只存在于肿瘤细胞,”第一作者说陵刘计算生物学博士,圣裘德部门。“它不会目标任何正常细胞。我们使用CRISPR-Cas9扰乱融合特定等位基因在两个癌症细胞系和杀了他们。”

“我们能够展示的治疗潜力基因组编辑使用CRISPR-Cas9和体外癌症细胞系模型”共同通讯作者说Shondra Pruett-Miller博士,圣裘德先进的基因工程中心导演。“我们相信这只是冰山一角的我们如何能够利用基因组编辑这些oncofusions目标。”

希望在地平线上基因组编辑治愈

杀死细胞系为一个基因组编辑提供了一个概念验证治疗这些癌症。它还显示前方的困难,这样的治疗。细胞系是源自小儿癌症,目前有一个预后不良,即使治疗。一行是被基因组编辑。然而,其他癌症细胞系意外补偿通过使用多个接头变体。剪接变体是不同的RNA序列来自相同的基因区域。当圣裘德科学家中断所有拼接变体的致癌融合在第二个细胞系,他们成功地杀死癌细胞。

先发制人识别剪接变体在技术上具有挑战性和当前基因组编辑技术还不够有效的把这些疾病的诊所。

预测临床结果和推动研究向前发展

即使在治疗中面临的挑战它的使用,计算工具已经预测一些临床结果。圣裘德作者能够解释为什么一小群儿科患者复发急性髓系白血病(AML)贫穷的结果。他们发现的细微差别致癌融合突变,这解释了生存的结果比任何现有的临床诊断。结果表明,该工具可用于临床预测,这将帮助医生选择更个性化和有效治疗病人。

参考:刘Y,克莱因J,亚太区R, et al .致癌融合5190年儿童癌症的病因及其临床和治疗意义。Nat Commun。2023;14 (1):1739。doi:10.1038 / s41467 - 023 - 37438 - 4

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