新的方法来理解SARS-CoV-2是如何进化的

纽约大学的病毒学家正在帮助分析的基因代码——或蓝图——导致COVID-19 SARS-CoV-2病毒。

这些发现将有助于研究人员更好地了解病毒株病毒的进化和帮助确定新的集群。

分析全球出版这本小说冠状病毒的基因组序列数据将帮助快速跟踪我们理解这个复杂的疾病。

遗传密码

研究人员,从联邦科学与工业研究组织(CSIRO)在澳大利亚,开发了一种新颖的可视化平台,支撑人类基因组生物信息学算法最初用于分析,查明差异SARS-CoV-2成千上万的基因序列的病毒。

CSIRO的首席执行官拉里·马歇尔博士说知道遗传密码是至关重要的。

马歇尔博士说:“我们知道这种病毒,越多越好武装我们会战斗。这种高度复杂的分析SARS-CoV-2病毒的基因组序列已经帮助确定哪些疫苗病毒株适合测试开始在澳大利亚在吉朗疾病预防中心——唯一高biocontainment设施在南半球的。”

Vasan瑟哈德里教授——拥有一个纽约大学的名誉主席,CSIRO的危险的病原体组长——SARS-CoV-2病毒和疫苗评价研究工作,是该研究的通讯作者。

他说第一个181基因组序列公布从当前COVID-19疫情进行分析了解病毒的变化可能影响其行为和影响。

Vasan博士补充说:“这RNA病毒将演变成许多不同的集群共享突变,这是我们已经证实和可视化。在这个时候,我们不期待它会影响COVID-19疫苗的开发和评估,治疗和诊断,但它是重要的信息监测临床前和临床研究进展。

“启用这个,我们呼吁国际研究团体分享消除识别信息的细节情况严重程度和结果,以及其他相关的元数据,如疾病和吸烟状况、与病毒的基因组序列。”

进化距离

CSIRO的生物信息学团队领袖丹尼斯·鲍尔博士说,随着病毒的发展,这个蓝图变得越来越重要,有效的,因为它拥有指令对病毒的行为和什么样的疾病可以导致。

全球第一作者,鲍尔博士说:“现在有大量的单个病毒序列。评估这些数据点之间的进化距离和可视化帮助研究人员了解病毒的不同菌株——包括他们从何而来以及他们如何继续发展。

“数据可视化平台的优势是,它强调发展的基因突变的病毒,因为它不断改变和适应新的环境。

”告诉我们更多关于遗传差异及其可能影响疾病的发展,更好的我们可以解决疾病的诊断和治疗方法。”

生物信息学

CSIRO的澳大利亚e-Health研究中心首席执行官大卫·汉森表示工作显示的重要性之间cross-collaboration生物信息学的建立和新兴学科,基因组学、疫苗和病毒学。

“同行评议的科学过程后开放这样的出版是一个极其重要组成部分CSIRO的反应。”

参考

鲍尔等。(2020)使用基因组学和生物信息学支持大流行应对:一个案例研究在突发SARS浸2爆发。跨界和新兴疾病。DOI:https://doi.org/10.1111/tbed.13588

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