罗氏宣布限制访问程序Nimblechip™HD2芯片阵列

罗氏系统公司已经宣布一个数量有限的访问合作伙伴已经选择的工作与公司的第二代NimbleChip™HD2微阵列,每个包含200万调查。

这些合作伙伴将有机会与高密度阵列技术应用到罗氏的染色质免疫沉淀反应(芯片)的产品和服务。

罗氏HD2有限合伙人迈克尔•斯奈德博士的主任耶鲁大学基因组学和蛋白质组学中心说,他将使用数组映射转录因子结合位点和探索人类变异。

“210万特性数组应该导致相当大的节省成本和允许我们执行实验目前无法实现的,”斯奈德说。“我期待使用它们。”

罗氏的推进特性利用密度德州仪器(TI)的持续发展的数字微镜器件(DMD),高清电视和highdefinition数码摄影成为可能。

可用性更高的密度监测诊断为罗氏提供了一个简单的路径提供阵列与它的客户更高的数据内容。

罗氏目前使用早期版本DMD的无掩模的阵列合成(MAS)仪器合成近400000不同的寡核苷酸探针在其标准的数组。

罗氏选择ChIP-chip产品作为NimbleChip HD2的初始应用程序推出,因为来自顾客的强劲需求。

“罗氏是第一个提供高密度低聚糖ChIP-chip数组,和我们现在,再次推动该领域“斯坦博士说玫瑰,罗氏的总裁兼首席执行官。

“通过引入NimbleChip HD2 ChIP-chip数组,我们将设置一个新标准在全基因组数据质量和价值的分析蛋白质与DNA结合的。”

“从表达分析,一个可以学习什么样的基因表达在一个特定的细胞,但发现机制负责这些基因的特定的表达模式,需要研究控制转录的转录因子,“Bing任博士说,基因调控实验室的负责人路德维希癌症研究所,加州大学圣地亚哥分校和HD2有限访问合作伙伴。

“罗氏与HD2的探针密度增加减少全基因组扫描来自38个数组到7,”他继续说。

“我期待这提供了扩展功能,能够进行更多的全基因组扫描,因为节约成本或通过基因组瓷砖在更高的分辨率。"

佩吉·萨利博士,副主任加州大学戴维斯分校基因组中心和HD2有限访问伙伴,同意了,“我的实验室一直在与罗氏ChIP-chip平台在过去的几年里。”

“我们正兴奋的前景/杂交获得的信息量增加5到10倍,同时还收集高质量的数据。”

罗氏最近公布的人类和小鼠子阵列设计,瓷砖在已知基因的启动子转录本,根据最新的基因组构建UCSC基因组浏览器的数据库,分别hg18和mm8。

全基因组ChIP-chip微阵列设计也可以,询问非重复性的地区的人类,老鼠,拟南芥,鼠,狗,鸡,蠕虫,苍蝇,酵母和大肠杆菌基因组平均100个基点或更少的时间间隔对公正的发现。

研究人员也可能顺序设计利用数组编码财团或裁缝芯片特定的实验设计。

罗氏400000探测器编码ChIP-chip数组使用的大多数实验室致力于NHGRI的芯片编码的财团。

罗氏的芯片产品也被开发和验证重用,科学家们发现可以降低运营成本,而不需要牺牲数据质量、灵敏度和重现性。

以下从罗氏ChIP-chip产品商用顺序:

人类ChIP-chip产品

人类全基因组:38-chip设置瓷砖每100 bp转发链的非重复性的地区整个基因组(基于NCBI建立36和UCSC hg18)。

人类启动子(基于NCBI建立36和UCSC hg18):

o在已知的单片瓷砖,标准(或“模型”)启动子区域RefSeq中定义。

哪一个芯片上瓷砖在“实验”中定义的启动子区域RefSeq。

哪一组二芯片的瓷砖在所有已知的定义在NCBI和UCSC的启动子区域。

编码:单片均匀瓷砖在ENCODE-designated地区,或大约百分之一的人类基因组(基于NCBI构建34和35 UCSC的hg16 hg17)。

鼠标ChIP-chip产品

亩进行全基因组:38-chip瓷砖每100 bp转发链的非重复性的地区整个基因组(基于NCBI建立36和UCSC mm8)。

亩进行启动子(基于NCBI建立36和UCSC mm8):

o在已知的单片瓷砖,标准(或“模型”)启动子区域RefSeq中定义。

哪一个芯片上瓷砖在“实验”中定义的启动子区域RefSeq。

哪一组二芯片的瓷砖在所有已知的定义在NCBI和UCSC的启动子区域。

拟南芥ChIP-chip产品

拟南芥全基因组:Three-chip瓷砖每90 bp在整个基因组的非重复性的地区(基于TIGR释放5)。

拟南芥发起人:单片瓷砖2000年英国石油公司上游的带注释的发起人(基于TIGR版本4)。

老鼠ChIP-chip产品

鼠形全基因组:单片瓷砖每100 bp转发链的非重复性的地区整个基因组(基于UCSC的rn3)。

狗ChIP-chip产品

犬属后裔全基因组:单片瓷砖每100 bp转发链的非重复性的地区整个基因组(基于UCSC的canFam2)。

鸡肉ChIP-chip产品

背带吊裤带全基因组:单片瓷砖每100 bp转发链的非重复性的地区整个基因组(基于UCSC的galGal3)。

蠕虫ChIP-chip产品

秀丽隐杆线虫全基因组:单片瓷砖每86 bp转发链的非重复性的地区整个基因组(基于UCSC的ce2)。

飞ChIP-chip产品

黑腹果蝇全基因组:单片瓷砖每97 bp转发链的非重复性的地区整个基因组(基于UCSC的dm2)。

酵母ChIP-chip产品

酿酒酵母全基因组:单片瓷砖每32 bp转发链的非重复性的地区整个基因组(基于UCSC的rn3)。

大肠杆菌ChIP-chip产品

K12的大肠杆菌全基因组:单片瓷砖每24 bp在非重复性的地区在整个基因组的两条链(基于UCSC的rn3)。