罗氏微阵列作为主要平台ChIP-Chip发现在项目编码

百科全书的DNA元素(编码)财团发表一系列论文自然和基因组研究和工作的四年多的努力致力于理解人类基因序列的功能元素一步的目标使用这些信息来诊断、治疗和预防疾病。

罗氏系统公司。扮演了主要角色在这个国际发现努力,既选择染色质免疫沉淀反应微阵列(ChIP-chip)平台对于大多数调查人员参与这项研究的收件人和编码研究资助的250万美元。至少15篇论文发表日期编码参与者使用罗氏平台。

罗氏提供的创新微阵列技术,我们能够识别转录因子结合位点和染色质的修改以及人类基因组在多种细胞类型,“Bing任博士,加州大学的助理教授,圣地亚哥医学院和路德维希癌症研究所(LICR),并参与编码的财团。

“高质量的数据从这些实验让我们标注推动者,增强剂,绝缘体和其他转录监管元素在人类基因组中并检查驱动细胞特定类型的机制在人类细胞中基因表达程序。我们预计,这些信息将为人类发展的研究提供有价值的资源,疾病过程和演化”。

开始于2003年9月由国家人类基因组研究所(NHGRI),编码项目拿起寻找理解人类基因组计划的人类基因组。

组成的科学家从35组在80年组织政府,行业和学术界在全世界范围内,编码是致力于生产目录的元素生物功能的关键在大约98%的人类基因组不编码蛋白质。大约1%的人类基因组,或3000万DNA碱基对,被选为深入调查;目标是战略选择提供一个代表整个人类基因组的横截面。

结果使研究人员重新思考一些关于基因是什么,长期存在的观点,以及基因组的功能元素是如何进化的。

编码财团的主要发现包括DNA的发现,大多数的人类基因组转录成功能性分子,称为RNA,这些记录广泛相互重叠。这广泛的转录模式挑战长期存在的观点,即人类基因组包含一组相对较小的离散基因,以及大量的所谓“垃圾”DNA没有生物活性。新数据显示基因组包含很少的未使用的序列,是一个复杂的交织的网络。

罗氏ChIP-chip技术是主要ChIP-chip编码基因表达调控研究的平台。“我们选择罗氏由于其生产能力与长寡核苷酸探针阵列,它允许更高的敏感性和特异性。灵活的设计能力和高探针密度也让罗氏平台一个不错的选择,”杰森Lieb博士指出,生物学系助理教授在北卡罗莱纳大学。

Lieb和北卡罗来纳大学的研究人员开发了一种方法来映射区域的范围广泛的基因组的核小体的枯竭,基因活动的一个特点。使用一个方法称为做(甲醛帮助隔离监管元素),该组织能够区分活跃的和不活跃的地区的基因组和比较这些模式之间的不同的细胞类型。

方法利用高密度DNA微数组罗氏在高分辨率的地图的染色质区域活动,基因组宽。区分的染色质活动模式提供了洞察细胞监管流程在正常和病变细胞。

“我们的实验证明,做编码下的新技术开发项目,是一种简单而有效的方法,高通量的映射打开整个人类基因组染色质,“Lieb说。“罗氏的高质量数据允许我们创建开放的染色质地图快速和相对较少的实验和在高信心。”

另一个编码授予接收方,佩吉·萨利和加州大学的研究人员,戴维斯基因组中心,使用罗氏ChIP-chip技术来分析人类细胞如何调节基因的表达通过识别蛋白质结合位点在基因组的高分辨率。

“我们选择使用罗氏数组编码研究由于ChIP-chip数据的灵敏度高、重现性好,”萨利。”也,高信噪比使用罗氏数组可以使我们很容易获得比较不同转录因子和绑定模式允许我们展示惊人的对应绑定E2F家族的成员和RNA聚合酶II”。

随着编码项目进入生产阶段,罗氏ChIP-chip技术将被应用到分析基因表达的调节剩余99%的人类基因组。根据编码财团,这个项目的目标之一是建立一个参考基地的科学家将随后比较调节基因表达的变化涉及到成千上万的不同因素,在数以百计的目标组织,在许多条件下。