新型生物管道定义Semi-Extractable rna

Membraneless细胞器(枣疯病),也称为“生物分子冷凝,“生物过程形成的液-液分离阶段(llp)。枣疯病是高度动态的身体含有蛋白质和核酸。蛋白质的作用在llp)已经进行了广泛的调查,有一个日益增长的兴趣在科学界了解RNAs-the核酸的角色负责无数生物功能包括编码、解码、监管、和基因的表达,最终蛋白质相分离。

最近的研究表明,枣疯病富含rna提取不善的常规方法,但可以有效地恢复使用改进的方法如针剪切和加热,称为semi-extractability属性。这些semi-extractable rna可能是重要的生物标志物,在疾病诊断和治疗的药物靶点。然而,很少有研究成功地识别和描述这些rna。

为了解决这个差距,曹国伟曾博士,早稻田大学助理教授、博士合作国家岩漠从早稻田大学,博士武Chujo熊本大学博士Tetsuro Hirose从大阪大学,已经开发出一种新颖的生物管道定义semi-extractable rna在人类细胞系。

团队执行细胞RNA提取和测序在五个人类细胞系,即A10, A549, HEK293,海拉,HAP1细胞。他们进一步分析了RNA序列数据使用不同的计算方法。之间的微分表达式分析样本提取使用传统的RNA提取方法和改进的提取方法。研究人员发现,RNA转录是一贯semi-extractable在所有5个细胞系。重复序列密度和主题分析也进行了探索影响semi-extractability潜在因素。此外,研究人员执行k-mer分析使用SEEKR算法功能分类根据k-mer semi-extractable rna的内容。

分享他们的研究的亮点,曹国伟曾解释说,“使用新开发的生物信息学分析管道,我们检查了原始实验数据从人工培养的细胞类型和特征成功地识别和1074 semi-extractable rna可能参与形成乳剂membraneless细胞器。”

在调查的本地化semi-extractable rna在染色质在细胞内,研究小组发现,这些rna在压抑和重复性异染色质浓缩(黑色染色)地区,尤其是在Polycomb-repressed地区。在细胞内部,rna是集中在细胞核,包括核仁,但与染色质分离。

此外,研究人员推测semi-extractable rna可能函数与其他rna作为交互平台。核实他们的假设,他们比较semi-extractable rna与接近600中心rna形成protein-mediated RNA-RNA交互与多个其他rna。他们发现确实semi-extractable rna作为中心,形成RNA-RNA交互中起了关键的作用。

进一步分析semi-extractable RNA显示明显偏好的RNA结合蛋白绑定AU-rich地区与RNA。虽然信使RNA通常展览AU-rich地区在3’端,负责监管RNA稳定,semi-extractable RNA集中展出盟地区的5 '端,表明潜在的参与未被发现的功能。

semi-extractable rna的研究提供了第一个数据集人类细胞系,这是一个宝贵的资源调查RNA-based相分离。“未来集成semi-extractable RNA的RNA相互作用的研究将提供洞察RNA-induced分子机制相分离细胞,”总结国家岩漠热情。

研究发现提供了新的视角探讨RNA参与生物过程如癌症发展和进展,病毒RNA降解,和细胞应激反应,可以把癌症和感染性疾病的治疗策略的发展。

参考:曾庆红C, Chujo T, Hirose T,岩漠m . semi-extractable rna在五个人类细胞系的景观。核酸Res。2023年7月19日在线发表:gkad567。doi:10.1093 / nar / gkad567

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