小说在线生物信息学工具大大降低多个基因组分析的时间

与崛起的全球人口导致增加了食物资源的压力,它正变得越来越重要,作物育种项目工作,加强全球安全的食物来源。

这是利用的一个关键方面的突破基因组学研究指导个人的选择将育种方案。可以与一个物种的DNA其物理特性,或表型,识别区域的DNA负责可取的特征如高收益或抗病。

作物育种项目可以利用的遗传信息,以确保首选特征是未来继承了农作物产量,帮助食品供应安全的未来。不过多数DNA的分析工具是专为二倍体生物,比如人类,和一套染色体,表现不佳,当应用于多倍体物种如面包小麦(小麦l .)有多个组染色体。

科学家从基因组分析中心(TGAC)和约翰英纳斯中心开发出了一种生物信息学管道,多点标记,促进了多倍体物种的基因组特定引物的设计。一旦发现,这些引物可用于确定是否一个有机体的遗传变异与给定的特征有关。

作为开放获取工具,研究人员和作物育种者可以提交自己的数据多点标记和在线工具将返回建议设计引物来识别基因变异标记重要作物样本特征,具有显著降低周转时间相比,目前的人工方法。

“手动的过程设计引物来验证在六倍体小麦是费时,我们减少了多点标记设计时从一个星期到20分钟,”里卡多Ramirez-Gonzalez第一作者说,在TGAC博士生。

“多点标记已经证明了它的价值在一个研究项目被开发和应用,它发现了遗传标记信号抗小麦条锈病病原体(柄锈菌striiformis f . sp. tritici)。这种疾病负责毁灭性的面包小麦作物,开发了“战士”菌株能够感染个体先前认为宽容。”

马里奥•Caccamo论文的资深作者,说:“多点标记的发展就是一个很好的例子的好处多学科的研究。在一个新的软件工具,我们在发展先进算法,应用专业知识知识在遗传学和基因组结构的原则。”

创新的在线工具也被用于识别820000个遗传标记当前TGAC移植项目,欧洲的一项行动,目的是为了提供一个跨国基础设施对植物基因组科学,以及80000 CerealsDB项目标记小麦基因组的分析,与布里斯托尔大学的合作。