PIMS测序扩展:DNA测序设备的实验室信息管理系统

文摘:

背景:设施提供服务为DNA测序通常支持大量用户和实验类型。服务的成本通常是减少使用液体处理机器人但是阻碍这类设施的效率,因为这样的软件机器人通常不会集成与系统运行测序机器。因此,有必要对软件系统能够集成不同的机器人系统和管理样品DNA测序的信息服务。在本文中,我们描述了一个扩展的蛋白质信息管理系统(pim)是专为DNA测序设施。pim的新版本有一个友好的用户界面和集成排序过程的所有方面,包括样本提交、处理和跟踪、捕获和管理数据。

结果:PIMS测序扩展2009年7月以来一直在生产利兹大学的DNA测序。它完全取代了手工数据处理和简化数据管理的任务和用户沟通。45个样本组织处理每月10000个样本的平均吞吐量。当前版本的PIMS测序扩展与应用生物系统公司3130 xl 96孔板音序器和MWG 4204或通报Theonyx液体处理机器人,但不适用于与其他机器人的组合。

结论:一直延伸到pim提供一个用户友好的和DNA测序设施集成数据管理解决方案是通过正常的web浏览器访问,允许多个用户同时访问以及设施经理。系统集成了测序和液体处理机器人,管理数据流,并提供远程访问测序结果。

这篇文章发表在《BMC研究和是免费访问。