Proteogenomics持有解开癌症治疗的关键

分析基因的全部和所有的蛋白质产生的结肠癌组织从患者样本显示一个更全面的观点的肿瘤,指着小说癌症生物学机制和可能的新的治疗策略。

这个多学科和多由贝勒医学院的研究人员和研究发表在杂志上细胞,强烈支持全面描述肿瘤组织作为一种手段来指导进一步的研究导致早期诊断策略和新的治疗方法。

“这是第一个研究组织样本中所有的蛋白质和基因分析一组结肠癌患者,比较肿瘤和正常的邻近组织,“Bing Zhang博士说通讯作者的分子和人类遗传学教授史密斯和莱斯特苏乳房中心贝勒。

团队还包括科学家从能源部的太平洋西北国家实验室(PNNL),范德比尔特大学,华盛顿大学和美国国家癌症研究所。其他相应的论文的作者Drs。刘涛和卡琳Rodland电费单,范德比尔特的丹尼尔·Liebler博士。

团队的一部分国家癌症研究所临床肿瘤蛋白质组学分析的财团,生成的基因组和蛋白质组学数据和应用生物信息学分析的数据。结果是第一个系统的目录结肠癌肿瘤产生的不同的蛋白质和邻近的正常组织。

“我们不仅能够证实前所述结肠癌也发现新的分子标记之间的差异蛋白质产生的肿瘤和正常组织,可能值得进一步研究,”张说,他也是丹邓肯L综合癌症中心的一员,贝勒McNair学者。

此外,研究人员发现基因组和蛋白质组数据互补的方式为研究人员提供更好的理解结肠癌细胞内部发生了什么。

“一个例子是SOX9,”张说。“我们指出SOX9基因数据集是一个肿瘤抑制基因,因为它经常突变在结肠癌的方式表明蛋白质编码的基因的功能将被摧毁,蛋白质不会产生或产生较小的数量。但当我们看着蛋白质组学数据——在癌组织的蛋白质——我们发现恰恰相反;SOX9蛋白在这些肿瘤是非常丰富的,超过正常。蛋白质组学数据从而挑战表明SOX9是一个肿瘤抑制。”

进一步的生物信息学分析表明,张先生和他的同事们可能的解释和其他表观基因组和蛋白质组数据之间的矛盾,以及其他发现。

“基因的分析告诉我们有什么可能出错。但是我们不知道什么地方出了错,直到我们分析蛋白质,”刘说,资深科学家在用电综合组学集团,和他的团队,作为这项研究的一部分,执行最详细的测量蛋白在结肠癌的活动进行的。

除了SOX9的例子,张先生和他的同事们发现其他新的有趣的见解,可以指导研究提高结肠癌的治疗方法。例如,美国食品和药物管理局已批准使用生物标记DNA错配repair-deficiency呼吁识别患者适合一种叫做检查点inhibitor-based免疫疗法的治疗。然而,只有一个子集的结肠癌患者应对生物疗法。通过生物信息学分析,张先生和他的同事们发现新线索关于为什么repair-deficient结肠癌症免疫疗法并不适用于所有不匹配,可能导致新的治疗方法。

“我们的数据显示,一个令人惊讶的酶代谢和免疫细胞之间的关系在一些结肠肿瘤,改善免疫疗法提供了一个新的机会,“Liebler说,在范德比尔特大学的生物化学教授。

张先生和他的同事们已经可以访问的所有数据的研究人员称为LinkedOmics web工具,也为进一步探索这个数据集提供了计算工具。

“我们希望这个资源将有助于研究人员感兴趣的新调查方面的结肠癌,”张说。

这篇文章被转载材料所提供的贝勒医学院的。注:材料可能是长度和内容的编辑。为进一步的信息,请联系引用源。

参考:Vasaikar et al . 2019。Proteogenomic人类结肠癌的分析,将揭示新的治疗机会。细胞。DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.03.030。