研究人员建议下一步序列

在一篇发表在公共科学图书馆遗传学,法比奥。当然喽,尼克EMBL-European生物信息学研究所的高盛已经提出了一种方法来决定,在人类,老鼠,鸡和其他基因组科学家接下来应该序列。

他们表明,总是选择下一个最好的单一物种一样有效的计划提前几个基因组序列。

DNA测序揭示了大量的生物学信息。
但基因组测序仍是昂贵和费时,因此科学家们需要一种策略来帮助他们选择将给他们的生物新信息。

一个解决方案是最远亲生物序列,得到尽可能广泛的序列的多样性。

生物学家代表不同物种之间的关系作为一个树,树枝的长度根据程度不同,他们的DNA序列是不同的。

“如果我们准备假设最有益的是最大的一个进化趋异,哪些物种序列下的问题可以通过观察来解决分支的长度从那些已经单独unsequenced物种的基因组测序,并选择与别人分离的生物序列最长的分支”,解释了法比奥当然喽。

中心的趋势已经选择一组新的基因组序列。然而,目前的研究表明,挑选最好的候选人一次同样的信息。

“计算机科学家称之为“贪婪策略”,因为它涉及总是把自己最好的选择”,尼克高盛说。

”中心说,但是,如果有足够的资金来序列5生物,我们可能期望得到更好的基因组通过考虑所有五个在一起。”

“直觉相反,我们发现,在这种情况下,贪婪的策略是最好的。我们很惊讶,因为在计算机科学贪婪绝对不是好事——贪心算法很少提供最好的解决一个问题。”

“我们的研究结果有明显影响计划大规模基因组测序的努力”,继续当然喽。

”,他们对他们的选择保持开放这两个不同的不要选择相同的基因组测序中心,选择下一个最有吸引力的生物序列是一样有效的长期战略。”

科学家认为进化分歧并不是唯一的因素在选择哪个基因组序列,但其他条件都可以分解为高盛和帕迪贪婪策略,只要这些标准可以量化。

例如,测序成本,或经济有机体的重要性,可以考虑。他们的策略也可以适用于不同的问题,如保护生物学。

“当然,我们并不提倡基因组科学家或保育生物学家合作停止工作,但至少他们有信心测序或保护他们所选择的生物没有事情搞乱的合作者,”高盛表示。