研究人员发现使用454测序系统低频乙肝耐药突变

研究上周发表在《传染病杂志》上报告说,超深测序有能力识别低频乙型肝炎病毒(HBV)感染耐药突变样本,包括标准的未被发现的突变PCR直接测序方法。

本文概述了合作研究的结果斯坦福大学和454生命科学罗氏公司使用454测序系统检查血液样本核苷和核苷酸逆转录酶抑制剂(NRTI)处理和未经处理的个人。

动力学的研究提供了新的视角NRTI抵抗乙肝病毒的早期阶段目前检测突变限制方法只有在它们已经成为流行。

乙型肝炎病毒是一种慢性疾病导致严重的肝脏的炎症。类似于艾滋病毒、乙肝病毒逆转录酶率高的复制生成一个数量不断增加的潜在耐药菌株在一个主机上。目前乙肝病毒序列变化表征方法,如直接PCR测序或“人口基础”测序检测突变现在只有> 20%的病毒数量。

通过使用无偏超深测序,斯坦福大学的研究人员,由罗伯特·沙佛博士和Severine Margeridon-Thermet,能够检测多种耐药突变出现在1%的人口。事实上,研究发现乙肝病毒耐药突变10样本5 NRTI-treated个人,没有检测到PCR。

此外,几个样本发现超深测序时同时合并感染和G基因型PCR直接测序只有发现G基因型。

“这项研究说明了超深测序的力量发现以前被遮挡的乙肝病毒耐药,”罗伯特·沙佛博士说,主要作者和斯坦福大学副教授的传染病。“扩大新兴市场和潜在的乙肝病毒耐药的角度来看,由这种方法,可以提高乙肝病毒的战略使用药物来治疗这个将来终生感染。”

“本文补充了我们的工作与低频变异HIV的检测提供类似的见解到另一个慢性病毒感染,乙肝病毒”解释迈克尔•埃霍尔姆合著者和首席技术官454生命科学。“我们很兴奋地看到这项技术应用于这些类型的实际问题,我们相信,它将改变未来的传染病监测和治疗。”