研究人员使用454测序系统完成草案对木薯基因组序列
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一个团队的学术,政府和行业研究人员已完成初稿的木薯基因组(将木薯耐糖)。这个项目是一个重要的第一步,加快研究的步伐自给作物和解决一些世界各地的许多限制,面对木薯农民。
木薯块根农作物,作为主要食物来源每天超过7.5亿人。虽然有很多属性,这些属性使它一个重要的非洲和亚洲大部分地区的食物,它也有许多局限性。木薯可怜的营养含量,容易受到许多病原体,特别是在非洲,每年三分之一的大陆收获丢失病毒性疾病。其中一个、木薯褐色条斑病或摘要,目前粮食安全的主要威胁在东部非洲的一些地区。
为了应对这一威胁的紧迫性,建立可用的新木薯基因组序列后,比尔和梅林达•盖茨基金会获得130万美元的赠款,亚利桑那大学的研究人员将领导一个国际财团开发基因组变异数据库提供育种工具来帮助农民提高木薯,特别注重增加抵抗摘要病毒。
史蒂夫Rounsley博士在植物科学学院副教授UA和BIO5研究所的一员,将协调项目,包括合作伙伴在基因组科学研究所,马里兰大学巴尔的摩美国能源部联合基因组研究所(DOE变得),和454年生命科学,罗氏公司。
基因组序列的动力的形成始于2003年全球木薯(GCP-21)合作,共同主持Claude Fauquet博士国际热带农业生物学实验室主任(ILTAB)唐纳德植物科学中心(DDPSC)在圣路易斯,和乔Tohme博士的国际热带农业中心(CIAT)的卡利,哥伦比亚。反过来,这导致了2006年的一项提议Fauquet Tohme和12其他国际科学家能源部变得社区测序计划,选择一个试点项目。
完整的基因组计划在2009年初,当454年生命科学和能源部变得每个承诺的资源使用454生命科学的基因组定序器FLX平台读GS FLX钛化学快速生成DNA序列数据所需的项目。“这是一个完美的例子多快的事情可能发生在每个人都对齐背后的一个重要原因。基因组的数据大多是在8周内生成的能源部变得和454年生命科学,”亚利桑那大学Rounsley说,他领导了合作。
超过6100万测序读取生成并组装到一个草案包含估计有95%的木薯基因组的基因。它是第一个大型基因组项目主要使用454生命科学读测序平台,使改进质量的草案,和它的快速生成。
“我们很高兴我们的测序技术奉献给这个重要的全球倡议,”埃霍尔姆迈克尔解释说,首席技术官和副总统在454生命科学研究和发展。“这个项目,以及其他最近完成了复杂的植物基因组项目,表明454测序系统正在迅速成为从头测序和组装的标准。”
基因组序列的可用性使新建的项目,研究木薯品种不同于对方。“454生命科学和能源部的贡献使木薯基因组中变得更现实全球木薯研究翻开了崭新的一页。我们兴奋的机会木薯育种者访问新工具改善非洲主食作物,”凯瑟琳·卡恩说,与农业发展项目官员比尔和梅林达•盖茨基金会的倡议。
研究人员将利用下一代技术样品很多品种的木薯和开发一个大型数据库的标记,可以用来识别基因参与许多重要的特征。团队将与研究者在肯尼亚,乌干达和坦桑尼亚在应用这些遗传标记对确定木薯褐色条斑病阻力。所有的信息和工具项目开发将在全球范围内免费提供。
传统木薯改进是缓慢和困难。大量的可用性标记将帮助使育种计划更有效率。例如,特征可能只出现在成熟的植物可以确定在幼苗廉价的DNA测试。由于木薯淀粉用于工业生产,有潜力作为生物燃料的来源,有商业应用这些育种工具。然而,最重要的应用程序将是那些改善人的生活依靠木薯的每日卡路里摄入量。
“第一木薯基因组,我们可以便宜和快速序列其他品种,将给我们成千上万的小路标英里标记如果你喜欢,将帮助我们识别关键基因提高植物抵抗病毒,“Rounsley说。
“到2050年,90%的人类将生活在发展中国家,农业是最重要的经济活动。由小农户作物中心国际食品安全、卫生、经济增长、能源需求,减少贫困和社会稳定,”发奎特说。“木薯基因组中包含的信息将提供巨大的机会来改善这一重要作物,使其成为主流的植物研究从而减少时间和成本的改善农民最需要的品种。”
这个格兰特是基金会的农业发展计划的一部分,这是与广泛的合作伙伴提供数以百万计的发展中国家的小农户提供工具和机会来提高他们的产量,增加他们的收入,为自己和家人建立更好的生活。基金会正在努力加强整个农场农业价值链——从种子和土壤管理和市场进入的进展与饥饿和贫穷是长期可持续发展。
木薯块根农作物,作为主要食物来源每天超过7.5亿人。虽然有很多属性,这些属性使它一个重要的非洲和亚洲大部分地区的食物,它也有许多局限性。木薯可怜的营养含量,容易受到许多病原体,特别是在非洲,每年三分之一的大陆收获丢失病毒性疾病。其中一个、木薯褐色条斑病或摘要,目前粮食安全的主要威胁在东部非洲的一些地区。
为了应对这一威胁的紧迫性,建立可用的新木薯基因组序列后,比尔和梅林达•盖茨基金会获得130万美元的赠款,亚利桑那大学的研究人员将领导一个国际财团开发基因组变异数据库提供育种工具来帮助农民提高木薯,特别注重增加抵抗摘要病毒。
史蒂夫Rounsley博士在植物科学学院副教授UA和BIO5研究所的一员,将协调项目,包括合作伙伴在基因组科学研究所,马里兰大学巴尔的摩美国能源部联合基因组研究所(DOE变得),和454年生命科学,罗氏公司。
基因组序列的动力的形成始于2003年全球木薯(GCP-21)合作,共同主持Claude Fauquet博士国际热带农业生物学实验室主任(ILTAB)唐纳德植物科学中心(DDPSC)在圣路易斯,和乔Tohme博士的国际热带农业中心(CIAT)的卡利,哥伦比亚。反过来,这导致了2006年的一项提议Fauquet Tohme和12其他国际科学家能源部变得社区测序计划,选择一个试点项目。
完整的基因组计划在2009年初,当454年生命科学和能源部变得每个承诺的资源使用454生命科学的基因组定序器FLX平台读GS FLX钛化学快速生成DNA序列数据所需的项目。“这是一个完美的例子多快的事情可能发生在每个人都对齐背后的一个重要原因。基因组的数据大多是在8周内生成的能源部变得和454年生命科学,”亚利桑那大学Rounsley说,他领导了合作。
超过6100万测序读取生成并组装到一个草案包含估计有95%的木薯基因组的基因。它是第一个大型基因组项目主要使用454生命科学读测序平台,使改进质量的草案,和它的快速生成。
“我们很高兴我们的测序技术奉献给这个重要的全球倡议,”埃霍尔姆迈克尔解释说,首席技术官和副总统在454生命科学研究和发展。“这个项目,以及其他最近完成了复杂的植物基因组项目,表明454测序系统正在迅速成为从头测序和组装的标准。”
基因组序列的可用性使新建的项目,研究木薯品种不同于对方。“454生命科学和能源部的贡献使木薯基因组中变得更现实全球木薯研究翻开了崭新的一页。我们兴奋的机会木薯育种者访问新工具改善非洲主食作物,”凯瑟琳·卡恩说,与农业发展项目官员比尔和梅林达•盖茨基金会的倡议。
研究人员将利用下一代技术样品很多品种的木薯和开发一个大型数据库的标记,可以用来识别基因参与许多重要的特征。团队将与研究者在肯尼亚,乌干达和坦桑尼亚在应用这些遗传标记对确定木薯褐色条斑病阻力。所有的信息和工具项目开发将在全球范围内免费提供。
传统木薯改进是缓慢和困难。大量的可用性标记将帮助使育种计划更有效率。例如,特征可能只出现在成熟的植物可以确定在幼苗廉价的DNA测试。由于木薯淀粉用于工业生产,有潜力作为生物燃料的来源,有商业应用这些育种工具。然而,最重要的应用程序将是那些改善人的生活依靠木薯的每日卡路里摄入量。
“第一木薯基因组,我们可以便宜和快速序列其他品种,将给我们成千上万的小路标英里标记如果你喜欢,将帮助我们识别关键基因提高植物抵抗病毒,“Rounsley说。
“到2050年,90%的人类将生活在发展中国家,农业是最重要的经济活动。由小农户作物中心国际食品安全、卫生、经济增长、能源需求,减少贫困和社会稳定,”发奎特说。“木薯基因组中包含的信息将提供巨大的机会来改善这一重要作物,使其成为主流的植物研究从而减少时间和成本的改善农民最需要的品种。”
这个格兰特是基金会的农业发展计划的一部分,这是与广泛的合作伙伴提供数以百万计的发展中国家的小农户提供工具和机会来提高他们的产量,增加他们的收入,为自己和家人建立更好的生活。基金会正在努力加强整个农场农业价值链——从种子和土壤管理和市场进入的进展与饥饿和贫穷是长期可持续发展。
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