哺乳动物的转录组的科学家报告最全面的视图
科学家从昆士兰大学、澳大利亚和应用生物系统公司。已经联合在一起进行综合分析的哺乳动物的转录组,从一只老鼠基因组rna转录的庞大集合。
RNA表达分析数据从这项研究代表了最高分辨率的哺乳动物转录组来自分化细胞和干细胞。本研究的结果将帮助研究人员更为全面地了解了哺乳动物的基因组景观的复杂性。
该研究发表在2008年7月出版的《自然》杂志上的方法,还讨论了在国际遗传学大会(ICG) 7月12 - 17日举行的会议。
根据这篇文章的作者,本研究结果意义重大,因为他们的发现将有助于研究人员识别特点在干细胞的基因组成,分子途径和更好地了解故障会导致复杂的疾病,如癌症。
例如,有一个可靠的方法来检测RNA剪接变体将是至关重要的,了解基因融合事件,这是肿瘤如白血病的分子特征。检测人体细胞对这些类型的RNA样品签名有潜力成为发展成为诊断方法在分子水平上确定癌症。
也确定一个出人意料的成绩单来自大量的变体基因位点的干细胞,研究人员阐明生物学途径的复杂性参与调节干细胞的多能性,关键了解干细胞分化成特定的细胞类型。
应用生物系统公司的固体™系统是一个重要的科学家所使用的技术概要的哺乳动物的转录组和前所未有的深度报道。研究人员使用固体系统执行sequencing-based转录组分析技术,使用方法开发的昆士兰大学的构建量化随机短RNA库(SQRL)。
使用SQRL方法,研究人员随机互补脱氧核糖核酸数据库创建给他们25 - 35碱基对长度序列标签,每个标签代表一个特定的RNA转录产生的老鼠基因组。固体的能力系统准确地探测到少量的RNA转录和产生每运行2.4亿序列标签使研究人员能够快速执行数字RNA表达分析应用程序并获取一个具体数目的RNA序列标签产生的基因组不同的细胞系。
据这项研究的作者,SQRL技术,这得益于标记固体系统的吞吐量水平,有效地检测异形转录组的RNA表达水平以下发生的事件检测传统的转录组分析技术,如微阵列。
目前阵列杂交技术不足以解决哺乳动物转录组的复杂性,因为他们没有表达的敏感性检测rna在非常低的水平。此外,阵列分析需要杂交的记录到一个已知的互补序列已经被固定在一个幻灯片或芯片。
另外,SQRL方法允许研究人员使用hypothesis-neutral RNA表达分析方法识别低水平的小说非编码RNA表达为拼接变体,反义链,以及重复基因元素,转录组的占很大一部分。
研究人员还使用了固体系统编码和非编码RNA的检测单核苷酸多态性,使他们探索突变状态和RNA编辑事件在全基因组范围内,进一步发展他们的理解非编码RNA转录变异如何影响调节基因的表达。
