Single-nucleus RNA序列,由液滴滴

去年广泛研究人员描述了一种叫做sNuc-Seq single-nucleus核糖核酸测序方法。这个系统使基因表达谱的研究人员很难隔离细胞以及细胞从归档组织。现在Broad-led团队克服的主要障碍sNuc-Seq广泛使用:规模。

在一篇发表在《自然方法,博士后研究人员纳奥米•哈比卜Inbal Avraham-Davidi, Anindita苏;核心研究所成员张冯和特拉维夫Regev;和他们的同事透露DroNc-Seq,单细胞表达与微流体分析技术,合并sNuc-Seq,允许大规模并行测量复杂结构组织的基因表达。

研究人员在过去研究表达在神经元和其他细胞从复杂的组织,就像大脑,在单细胞水平。这是因为细胞影响其RNA内容和隔离程序并不总是准确地捕获的真实比例出现在一个样本的细胞类型。此外,程序没有冰冻的归档工作组织。sNuc-Seq绕过这些问题通过使用单个原子核从细胞中提取作为起点。

sNuc-Seq,然而,是一种低吞吐量的技术,使用96或384孔板收集和运行样本。规模的方法水平需要为了有效地研究成千上万的原子核,团队转向微流体。他们的灵感:Drop-Seq单细胞RNA-seq (scRNAseq)技术,封装单个细胞DNA一起barcoded-beads microdroplets大大加速表达分析实验和降低成本。

测试新方法的准确性和速度,团队成功的基准测试DroNc-Seq Drop-Seq, sNuc-Seq和其他低吞吐量scRNAseq方法使用鼠标细胞系和老鼠的脑组织。他们也应用到人类大脑组织收集的Genotype-Tissue表达式(GTEx)项目,发现他们可以识别表达式签名独特的神经元,神经胶质细胞和其他细胞类型的大脑(包括罕见的类型),和b)区分细胞亚型密切相关。

DroNc-Seq的鲁棒性和准确性表明它可能是一个稳定的技术被使用作为人类细胞的一部分,阿特拉斯和其他scRNAseq-based努力。

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论文引用:

哈比卜N, Avraham-Davidi我,苏,et al。大规模并行单细胞核RNA-seq DroNc-Seq。自然的方法。2017年8月28日,在线。DOI: 10.1038 / nmeth.4407

李Habib N, Y, et al。Div-Seq:单一核RNA-Seq揭示罕见的成年新生神经元的动力学方程。科学。2016年7月28日,在线。DOI: 10.1126 / science.aad7038

Macosko E, et al。高度并行的单个细胞的全基因组表达分析使用只滴。细胞。2015年5月21日,在线。DOI: 10.1016 / j.cell.2015.05.002