均为综合二维气相色谱质谱峰对齐

背景:
综合二维气相色谱法结合质谱(GCxGC-MS)是一个功能强大的技术,得到了越来越多的关注在过去的二十年。GCxGC-MS提供分离能力的提高,化学选择性和灵敏度为复杂样品分析和带来更准确的信息化合物的保留时间和质谱。尽管有这些优点,解决峰的保留时间在二维气相色谱柱总是由于转向实验变量,引入数据处理困难进行代谢组学分析。因此,必须以调整保留时间变化比较从不同条件下获得的多个代谢。

结果:
我们开发了新的峰对齐算法对均匀(在相同的实验条件下获得)和异构(在不同的实验条件下获得)使用修改GCxGC-MS数据均为局部比对算法随着大规模光谱相似。与文献报道的算法相比,该算法消除了检测具有里程碑意义的山峰和保留时间变换的使用。此外,一个自动峰对齐软件包建立了实现最优峰值对齐的似然函数。

结论:
提出的均为当地alignment-based算法能够调整同构和异构数据的多个GCxGC-MS实验没有保留时间的变换和选择具有里程碑意义的山峰。SW-based算法的最优版本还建立了基于相关的似然函数的自动峰对齐。拟议的对齐算法优于文献报道对齐方法通过分析化合物的混合物的实验数据标准和代谢物提取的小鼠血浆停在复合标准。

这篇文章发表在BMC生物信息学和是免费的访问。