整理蜂窝数据

开展他们的研究,晚餐和Gudjonson转向中途,研究计算中心的超级计算集群。

Gudjonson的项目侧重于淋巴细胞(一种白细胞中发现脊椎动物的免疫系统。除了lymphocytes-T三个主要类型的细胞,B细胞和NK cells-immunologists最近发现新类型的先天淋巴细胞,每一个都是适合扮演一个特定角色的保护身体免受外来入侵者。这些品种起源于一个共同的祖细胞,只有成熟后到更专业的形式,但细胞是如何“知道”什么形式还不清楚。

必须创建的蛋白质的基因组合控制的发展先天淋巴细胞,但哪些呢?有多达420000个潜在的相关基因在这些细胞,Gudjonson解释道。更糟的是,关键因素可能不一定是蛋白质的发现每个变体的最高浓度,而是某种组合在低丰度蛋白质的发现。

不可能追踪细胞中所有的蛋白质,所以,Gudjonson和同事测量浓度的信使RNA, DNA和最终的蛋白质之间的媒介。细胞的信使rna可以提取并测序相对容易,由于最近的DNA测序技术的进步。

在某种程度上从蛋白质,它说:“不是故事的全部,晚餐。“这是一个影子在某种意义上。“首先,信使rna不能告诉你如果蛋白质是一个活跃的或不活跃的状态。另一方面,信使rna的测量本身并不完美,他警告说。“你有效地进行大规模并行测量试管内,“晚餐说。“你会有一些变化,在每一个这些测量需要一个概率模型重建的实际信息测量。”尽管如此,研究人员说这是最好的数据可以得到所有物种的细胞在同一时间。

这个项目要求的相互依存的概率和统计分析要求高性能计算。获得研究计算中心的中途不仅加快他们的研究,Gudjonson解释道。“它给你更多的灵活性在测试你可以选择的种类,“简化分析更加困难,允许研究人员以多种方式方法问题。

此外,研究人员使用中途运行验证实验,并碾压混凝土客人账户中途晚餐集团西北大学的合作者。这允许他们与芝加哥同行共享数据和检查结果无缝。

Gudjonson的工作已经帮助识别关键中间步骤淋巴细胞的发展,表明某些细胞表达分子与两个或两个以上的不同类型的细胞在免疫反应的“决定”专业化。下一步,晚餐说,试图应用机器学习技术探索序列的细胞的发展步骤,以及更好地理解分数的细胞在一个发展阶段成为每种类型在下次。

晚餐说,“原则上,这些研究可能导致治疗先天性免疫缺陷和癌症有关。“除了是生活的蓝图,DNA可能会提供一个故障排除手册。