同时技术分析DNA, RNA和染色质在细胞

索尔克研究所的研究人员已经开发出一种新的基因组技术同时分析DNA, RNA和chromatin-a DNA和蛋白质的结合单个细胞。的方法,花了五年时间来开发,是一个重要的一步大协作,多个团队工作同时对成千上万的新细胞类型进行分类。新技术,发表在细胞基因组学2022年3月9日,将有助于简化分析。

“这多通道平台将是有用的通过提供一个全面的数据库,可以通过组织试图整合他们的single-modality数据,”说约瑟夫·埃克、基因组分析实验室主任索尔克索尔克国际委员会主席在遗传学和霍华德休斯医学研究所研究员。“这新信息也可以通知和指导今后的程控分类。”

埃克认为,这项技术将为大规模的工作是至关重要的,例如美国国立卫生研究院的大脑细胞主动网络普查,联合主席。大脑活动的主要工作是开发目录的老鼠和人类大脑细胞类型。这些信息可以用于更好地理解大脑如何生长和发育,以及不同的细胞发挥作用在神经退行性疾病,如阿尔茨海默氏症。

目前的单细胞技术是通过提取DNA, RNA或从细胞核染色质,然后分析其分子结构模式。然而,这种方法破坏了细胞在这一过程中,要求研究人员依靠计算算法来分析这些组件的多个细胞或比较的结果。

的新方法,称为snmCAT-seq,科学家利用生物标记来标记DNA, RNA和没有把他们从细胞染色质。这使得研究人员测量所有三种类型的分子信息位于相同的单元中。科学家们用这种方法来识别63细胞类型在人类大脑的额叶皮质区和基准测试的效果计算方法为集成多个单细胞技术。研究小组发现的计算方法有很高的精度描述广义脑细胞数量但显示重大歧义分析细细胞类型定义,说明必要性定义单元类型由不同的测量更准确的分类。

这项技术也可以用于更好地理解基因和细胞相互作用导致神经退行性疾病。

“这些疾病可以广泛影响许多细胞类型。但可能有某些特别脆弱的细胞群,“co-first作者说Chongyuan罗人类遗传学助理教授加州大学洛杉矶分校的大卫格芬医学院。“基因研究已经发现的基因组区域相关的疾病如阿尔茨海默氏症。我们提供另一个数据维度和识别细胞受到这些基因组区域。”

下一步,该小组计划使用新平台调查大脑的其他区域,比较细胞健康人脑与大脑受到老年痴呆症和其他神经退行性疾病的影响。

参考:刘罗C, H,谢F, et al。单一核multi-omics识别人类大脑皮层细胞调控基因组多样性。细胞基因组学。2022;2 (3):100107。doi:10.1016 / j.xgen.2022.100107。

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