在小时测试识别COVID-19变异

去年,病理学家杰弗里·SoRelle医学博士和同事们开发了CoVarScan快速COVID-19测试,检测8热点SARS-CoV-2病毒的签名。现在,经过测试CoVarScan西南大学超过4000患者样本收集,团队报告临床化学他们的测试其他方法用于诊断COVID-19一样准确,可以成功区分所有当前SARS-CoV-2的变体。

“使用这个测试,我们可以确定在社区很快变异是什么,如果一个新变型新兴“SoRelle博士说,病理学助理教授和这项研究的资深作者。“这也暗示了个体病人当我们处理变异,对治疗的反应不同。”

德州西南医学测试结果从前人类基因组学中心帮助公共卫生领导人跟踪COVID-19的传播在北德克萨斯州和制定政策基于变异的患病率。医生还用更有效的结果选择单克隆抗体对某些菌株感染重病COVID-19病人。

COVID-19存在一些其他的测试时,他们通常发现SARS-CoV-2遗传物质的片段或小分子发现表面的病毒,和不提供信息来识别变异。此外,许多研究人员担心,这些测试不准确的检测一些变体——或者可能错过未来的压力。确定哪些变异COVID-19病人,科学家通常必须使用全基因组测序,耗时和昂贵的,依靠先进的设备和分析阐明整个RNA序列中包含的病毒。

2021年初,西南大学SoRelle博士和他的同事想要跟踪电流测试是如何检测新兴SARS-CoV-2的变体。但他们意识到测序很多标本不会及时或成本效益,所以他们设计自己的测试,在工作麦克德莫特下一代测序中心核心的一部分,尤金·麦克德莫特中心人类生长和发展由海伦霍布斯,医学博士内科和分子遗传学教授。

SARS-CoV-2 CoVarScan锁定八个地区通常病毒变异之间的不同。它检测到小突变——RNA序列的构建块,不同措施重复基因区域的长度往往随着病毒的发展增长和收缩。方法依赖于聚合酶链反应(PCR) -最常见的病理实验室技术复制和测量感兴趣的RNA这八处。

测试CoVarScan到底如何运作,SoRelle博士的研究小组跑测试超过4000西南大学COVID-19-positive鼻拭子样本收集从2021年4月到2022年2月——从病人都有或没有症状。的测试是验证标准的全基因组测序,结果是被医生用来在一些重病COVID-19患者选择治疗方法。

全基因组测序相比,CoVarScan敏感性96%,特异性99%。μ,识别和区分δλ,COVID-19ο变异,包括BA.2版本的买卖,一旦被称为“隐形ο”,因为它没有出现在一些测试用来检测只有ο应变。

”这种测试的一个普遍的观点是,它需要不断调整新变种,但CoVarScan已经不需要任何调整一年多;它仍然是表现很好,”SoRelle博士说。“在将来,如果我们需要调整它,我们可以很容易地添加多达20或30更多热点。”

SoRelle博士计划继续开发CoVarScan作为商业测试和基于这项工作有未决的专利申请。作为变异的基因PCR测试的发明者,博士SoRelle有权使用收入。

其他研究者UTSW导致这项研究包括安德鲁·克拉克朝晖,艾米丽Ostman,回族,宋姚明,布Cantarel,穆罕默德Kanchwala曹国伟,李陈,裴欧文,燕,德怀特·奥利弗,弗朗西斯卡李,Jeffrey选手Gagan Laura Filkins Alagarraju Muthukumar,杰森公园,拉维Sarode。

霍布斯认为博士1995年达拉斯心脏球椅在心脏病学研究中,菲利普·奥布赖恩蒙哥马利,Jr .)在发育生物学医学杰出的椅子,尤金·麦克德莫特杰出的椅子上研究人类生长和发展。Sarode拥有约翰·h·德斯博士,医学博士在病理学教授。

参考:克拉克AE,王Z, Ostman E,等。多路复用片段分析柔性检测SARS-CoV-2变异的担忧。中国化学。2022:hvac081。doi:10.1093 / clinchem / hvac081

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