TGAC和科学合作伙伴获得£6米在生物科学应对大数据的挑战

作为英国生物技术和生物科学研究委员会(BBSRC)大数据基础设施宣布在2015年美国科学促进会年会,TGAC,与合作伙伴机构获得£6米有三个合作项目:

1)大数据基础设施作物基因组学

2)英国iPlant -创建一个植物科学保障网络基础设施

3)建立的基础设施养殖动物基因组的功能注释

BBSRC£7.5投资新的基础设施来解决生物科学大数据的挑战。新资金将提高巨大的数据集的存储和管理,将解锁的发现在重要领域如医疗,农业和可持续燃料。

生物发现越来越受突破性的技术,如高通量基因组分析和下一代生物成像、产生巨大和复杂的数据集。为了研究复杂的生物学现象,研究人员需要获得全面、综合数据资源,为整个社区都可以访问。

主要研究数据的访问是至关重要的科学发展;验证现有的观测和为新发现提供了原材料。共享数据标准化的方式可以使激动人心的突破,研究人员询问大数据集发现未被发现的模式生物的重要性。

然而,许多生物学家,在一些地区社区作为一个整体,难以充分利用生成的数据计算资源,由于缺乏适当的支持和技术技能。迎接这些挑战,不明白是加强投资在生物信息学和生物资源,专注于研究团体的需要,和促进可持续发展的模式操作。

大数据基础设施作物基因组学

刺激新作物发展的机会,以帮助改善一些世界上最重要的农作物

项目由组长在作物基因组学和多样性TGAC莎拉·艾林博士EMBL-EBI,已获得£2 m开发一个开源平台,使作物基因组学研究科学。

最近的测序技术和计算工具的进步成为可能的序列的遗传信息,一些世界上最重要的农作物品种,如水稻、大麦、油菜籽、玉米、大豆和小麦。这些作物构成实质性部分的日常食物摄取的世界人口和提高育种效率和营养的品种将会直接影响确保全球粮食安全。

而获得这些作物的基因组序列提供了一个非常有用的资源给洞察物种之间的差异,通过了解个人相同或密切相关的物种间的遗传差异,使我们能够识别有用的遗传变异,可以选择在植物育种。这些方法需要一个关于植物的基因数据和数据组合特征。这笔资金将帮助开发一种作物生物信息学平台,使用户能够访问这个遗传和变异特征数据并进行分析。

平台将使用开放源码的开发原则和公开数据。这部小说的作物生物信息学平台将促进产业研发组织协同工作的机会,研究和学术界。由公共资金资助的生成的数据资源的可用性,和随之而来的开发新工具将降低生产质量壁垒information-enabled作物科学,刺激新研究和应用的机会。平台也将打开新的机会为英国生物信息学社区,传统上专注于生物医学应用,通过开发替代的职业道路在生物技术和食品。

艾林博士说:“生产足够的食物以养活不断增长的世界人口在不断变化的气候条件下是一个巨大的挑战。这种作物生物信息学的发展平台将支持使用基因组学技术来探索作物物种的遗传多样性,有助于加快育种进程,生产更多的可持续作物早。”

建立基础设施养殖动物基因组的功能注释

帮助我们未来的粮食供应提供了一个重要的框架在家养动物遗传变异的发现以及它如何影响他们的特点

科学共同的项目主任/ TGAC脊椎动物基因组学和卫生主管Federica迪帕尔马,博士罗斯林研究所爱丁堡大学的EMBL-EBI,已获得£1.9 m开发基础设施提供参考基因组,使研究经济上重要的动物。

研究家畜重要的好处,包括提高农业、动物健康和福利,和医学研究。高质量的注释基因组序列(序列的DNA组成生物体的遗传物质)为遗传变异的发现提供一个重要的框架以及如何影响动物的特征,如鸡的抗病基因或更大的牛奶生产牛。

今天,技术序列DNA既快速又相对便宜,导致大量的可用数据作出新的发现。基因组序列可用于许多家养动物,包括家禽(鸡、火鸡、鸭)、牲畜(牛、猪、山羊和绵羊),鱼(鳕鱼,罗非鱼和鲑鱼)和同伴动物(狗和马)。

我们的知识的功能元素,特别是监管在这些动物基因组序列是有限的。识别基因组内的功能元素,这些功能的变化序列的结果是至关重要的。

这笔资金将在TGAC建立硬件和计算能力,罗斯林研究所和EMBL-EBI,加上软件,使动物基因组的功能注释。

BBSRC格兰特将提供关键的基础设施的三个伙伴机构最近推出了国际合作动物基因组功能注释(FAANG)倡议。FAANG倡议涉及处理需要高质量的基因组注释作为主要的信息来源和当代生物科学的研究是至关重要的。不仅是有价值的学术研究人员,科学家也在动物育种工作,动物健康和医药行业。这个项目涉及的基础设施交付高质量的带注释的参考基因组,使研究经济上重要的动物。

迪帕尔马博士说:“高质量、注释基因组为研究社区是必不可少的发展所需的复杂的分子生物学工具促进这些经济上的重要研究模型。bet188真人农场动物基因组资源不仅促进基本动物生物学的研究,还将帮助动物健康产业的发展包括动物繁殖,食物,和可持续农业。”

英国合作生物信息学数据密集型植物科学基础设施

英国iPlant节点来帮助传播专业知识和最佳实践在英国和美国之间

共同的项目数据基础设施和算法组长罗伯特戴维博士和博士TGAC科学计算主管蒂姆•施迪华威大学,利物浦大学,诺丁汉大学,亚利桑那大学和得克萨斯高级计算中心,已获得£1.78 m建立英国iPlant节点将连接英国与美国的计算机科学。TGAC基因组学将支持国家能力的计算基础设施。

植物科学研究产生了大量的数据包含了数不清的发现,这将有助于解决全球挑战在医学、生物燃料、生物多样性和农业。目前对这些发现的瓶颈是缺乏能力分享巨大的数据文件和分析在一个高效的,用户友好的方式。

iPlant协作是一个虚拟的组织由美国国家科学基金会(NSF)资助为植物创造的计算机科学。利用一些世界上最快的超级计算机,iPlant提供巨大的基于云的存储空间和虚拟实验室的长凳上,把全球植物科学数据和在线工具在一个地方。用户可以共享数据集和工具分析数据与尽可能多或尽可能少的人他们的愿望。工具分析数据由iPlant员工,或由他人,可以与更广泛的社区分享类似的方式的智能手机“应用程序”。

我们iPlant合作目前分布在三个位置,在不到10年的时间里积累了超过18500用户。BBSRC资金将扩展到国际合作通过构建一个英国iPlant节点在诺维奇TGAC,提供国家能力的计算基础设施。软件工具开发特定植物科学排序,系统生物学和图像分析项目在华威大学,利物浦和诺丁汉将由专门的程序员团队适应,这样他们可以集成到iPlant英国。这些将使自由和公开可用于更广泛的植物科学社区使用。

英国iPlant节点将有助于传播专业知识和最佳实践在英国和美国之间,允许英国的未来方向输入这个宝贵的资源,并提供一个范例项目给别人希望建立国际iPlant节点。

通过建立iPlant英国和促进对资源的访问,允许用户随时存储,数据分析和协作,这个项目将帮助支持范围广泛的研究,包括全基因组关联项目开发自然作物的变化,预测生物网络和通路,高通量成像和图像分析服务,充分研究人员更近一步了解哪些基因在植物与特定的特征。

戴维博士说:“在TGAC iPlant平台的部署,结合国家的扩张能力的硬件和与iPlant我们团队合作,将提供一个长期的数据管理、分析和共享中心英国植物科学社区。基础设施和培训,让研究人员通过健壮、高效、直观的工具是至关重要的英国继续进步到理解和解决关键科学挑战。”