在小麦研究TGAC宣布里程碑

这个具有里程碑意义的资源建立在国际努力在这一领域,有助于小麦育种者加速作物改良计划和研究人员发现基因关键性状如产量、养分利用和面包制作质量。小麦是世界上最重要的农作物之一,新的基因组资源将帮助确保未来的粮食供应。

现在小麦基因组DNA组装成更少和更大的块,覆盖区域之前的组件没有达到,如复杂的高度重复区域,形成约80%的DNA序列。马特·克拉克说,“此外”小组组长TGAC(首席研究员格兰特)领导的测序工作,“小麦有一个非常大而复杂的基因组由三个密切相关的杂交草,每一个都有一个很大的基因组本身。这是一直以来困扰科学家的一个复杂的问题好几年。”

达到这个里程碑已经成为主要的英国努力识别和理解小麦基因和发展见解之间的联系他们援助育种项目。在这个最新发展,数十亿基地需要测序和组装(一个巨大的拼图使用数十亿件非常相似)花了三个星期完成的英国最大的超级计算机,这是小麦上专门配置的工作。

组装小麦基因组,贝尔纳多克拉维诺、算法研究和开发团队领导在TGAC,主要修改软件,叫做DISCOVAR, Broad研究所开发的,剑桥,(以前用于专业应用在人类基因组大会)在一个协作建立了Federica迪帕尔马TGAC科学主任,来访的科学家广泛研究所。为了确保所有的DNA序列的复杂性被保留在组装期间,他取得了一系列重大改革软件:“我们集中我们的方法实现最大范围的基因组,通过重复的区别。我们非常小心地使用新生成高质量的输入数据。”

现在这些进步意味着软件可以组装几个小麦基因组高速度和精度。这集的快速生成有用的组件的许多品种的小麦,这对繁殖和研究是一个重要的步骤。标准件迈克·贝文的约翰英纳斯中心(JIC)(首席调查员)表示:“许多小麦基因组序列和组装能力有效地分解主要障碍小麦作物改良。我们现在可以利用从祖先的遗传变异的小麦品种的作物改良的新方法。”

Ksenia Krasileva,组长在TGAC TSL——进行了初步评估的程序集,说:“其中一个最复杂和大群的基因在小麦烘焙面包是那些有助于营养和粮食的质量。这些都是存在于基因组的完整副本,表明其他hard-to-assemble基因也准确地代表。”

副首席执行官史蒂夫•维斯的生物技术和生物科学研究委员会(BBSRC)资助项目,说:“不明白很高兴支持这项工作,已成为一个重要的贡献G20-sponsored国际小麦倡议。许多研究小组都导致了全球研究努力开发一个完全组装和小麦基因组序列访问对齐,理解和运用丰富的小麦遗传多样性增加小麦产量,提高小麦的耐压力,病原体和害虫,提高小麦产量的可持续性。拟合这一重要一步解体的复杂小麦基因组,这是人类基因组的大小的5倍,已经适应了专业软件开发人类基因组大会。”

提前释放的数据作为世界小麦的研究人员的新资源和育种者反映了小麦倡议的共享数据的基本原则,通过合作寻求协同帮助应对全球挑战赛喂养2050年人口近100亿。数据将被用于序列搜索(爆炸)TGAC的草根基因组平台从2015年11月12日。完整的数据集,确定基因,将公开从欧洲生物信息学研究所(EBI)运用数据库在2015年底。这是一个关键的里程碑BBSRC资助的研究项目“可持续农业Triticeae基因组学”与TGAC合作,JIC,欧洲生物信息学研究所和洛桑研究。

TGAC由BBSRC和经营战略是国家能力促进基因组学和生物信息学的应用生物科学研究和创新。