大“小”蛋白质所扮演的角色

人类基因组包含约20000个基因编码的蛋白质。蛋白质是人体的“工人”,负责执行特定功能,是生存的关键。尽管它们的重要性,有一种非常小的蛋白质,只有不到100个氨基酸,对于理解生物至关重要的工作,和我们几乎一无所知,因为仅仅是确定他们是一个名副其实的技术挑战。

然而,调查人员基因组中心的监管(点)的巴塞罗那,由ICREA研究教授Luis Serrano生物系统的设计集团的总裁,已经开发出一种技术,可以根据一个新的预测和分类这些蛋白质生物信息学工具,他们给多个使数据。这使他们发现这些小蛋白质占至少16%的细菌基因组。他们工作的结果已经发表在《分子系统生物学。

“我们研究了肺炎支原体的细菌,发现我们可以俯瞰10每100个蛋白质编码的基因减少仅仅因为他们太小”,玛丽亚Lluch-Senar说,科学家的环球化和这项研究的主要研究者。“这个比例可能是非常重要的在更复杂的情况下或人类的有机体”,她补充道。

最近的研究揭示的重要性这些小一些蛋白质,如抗菌肽分泌昆虫,动物,植物,甚至是人类感染的反应。这些小的蛋白质也被证明与其他环境中的细菌与宿主,如我们的有机体。事实上,他们可能会发挥非常重要的作用在一个平衡的微生物群。

“我们的研究兴趣在于确定函数的数量和种类,这些迄今为止忽视蛋白质可能存在“,塞缪尔Miravet-Verde解释说,博士生在环球化和第一作者的工作。

迄今为止,一个基因组注释时,只有DNA片段转录后和翻译这些东西可能会引出蛋白质有超过100个氨基酸被考虑。任何低于这个数字是无视,因为涉及到的技术挑战,因为通常的方法用于识别蛋白质是不可能的,因为他们是如此之小。这是进一步复杂化,这些蛋白质往往有一个非常短的生命,甚至他们不丰富或目前的组织——和有时限的表达模式,使他们更加难以检测。

此外,比较保护研究通常是为了能够执行指定功能蛋白,不同的有机体,试图确定他们的存在的程度,比较它们的长度和定义它们之间的相似度是否或不是重要的。随着这些小的蛋白质不能被识别,这种方法不能用来使有机体之间的比较,即他们的角色仍是一个谜。

在这个研究中,研究者在109年进行了初步研究细菌基因组中尝试这些蛋白质进行分类或分配功能。为此,他们已经应用算法用于其他设置,进入他们输入参数相关蛋白质的性质。他们后来验证他们的发现通过使用蛋白质已经确定在其他细菌物种。

他们开发的技术是通用的,可以应用于不同种类的细菌。

这篇文章被转载材料所提供的基因组中心的监管。注:材料可能是长度和内容的编辑。为进一步的信息,请联系引用源。

参考:Miravet-Verde。2019年。解开宇宙隐藏的小蛋白在细菌基因组。Embo出版社。DOI 10.15252 / msb.20188290。