癌症基因组图谱完成详细的卵巢癌分析

卵巢癌的基因变化分析提供了最全面和癌症基因对于任何类型的集成视图。从500例卵巢浆液性癌肿瘤检查癌症基因组图谱(TCGA)研究网络和分析报告在6月30日,2011年,自然的问题。

浆液腺癌是卵巢癌的最普遍形式,约占85%的卵巢癌死亡。TCGA研究者whole-exome测序完成,考察了蛋白质编码区域的基因组,在316年前所未有的肿瘤。他们还完成了对这些肿瘤基因组特征,另一个173年的标本。

TCGA共同资助,由美国国家癌症研究所(NCI)和国家人类基因组研究所(NHGRI),美国国立卫生研究院的一部分。

“这具有里程碑意义的研究是产生令人印象深刻的见解的生物学这种类型的癌症,”美国国家卫生研究院主任弗朗西斯·柯林斯说,医学博士博士。“这将大大增加癌症研究社区作出额外的发现将帮助我们治疗这种致命疾病的女性。它还说明了权力的来自我们的TCGA投资。”

一些具体的研究结论是确认单个基因的突变,TP53出现在超过96%的所有这类癌症。TP53编码一种肿瘤抑制蛋白,通常可以防止癌症的形成。基因的突变破坏这种蛋白质的功能,导致卵巢细胞不受控制的发展。此外,TCGA发现多种基因突变在其他不太频繁。

TCGA研究人员还建立了集的基因表达方式可以预测病人生存——识别模式与贫穷相关的108个基因生存和85个基因与更好的生存。

与贫穷相关的基因表达特征的肿瘤患者生存生活了一段时间,短于23%患者肿瘤没有这样一个签名。

卵巢癌的总体5年生存率是31%,这意味着69%的患者诊断今年不会生活在2016年,突显出迫切需要更好地理解这种疾病。

“新知识的卵巢癌的基因变化显示,这种疾病的分子催化剂影响个体基因并不局限于小的变化,“说NCI导演哈罗德·e·Varmus,医学博士“同样重要的大型结构变化发生在这些癌症基因组。癌症研究人员可以使用这个全面的信息来更好地理解生物学的卵巢癌和改善这种可怕的疾病的诊断和治疗。”

确定有针对性的治疗的机会,调查人员寻找现有药物可以抑制放大或vegf基因,提出了在卵巢癌中发挥作用。搜索确定的68个基因,可以通过现有的食品和药品管理局批准了或有针对性的实验治疗化合物。

研究人员指出,一种药物,PARP(聚ADP核糖聚合酶)抑制剂,可以抵消DNA修复基因在卵巢肿瘤研究的一半。

虽然研究人员已经知道这些药物可以有效对抗疾病,这项研究显示,50%的肿瘤可能对药物利用肿瘤的遗传不稳定,诱导癌细胞死亡。

“就像所有癌症,卵巢癌基因紊乱的结果,”埃里克·格林说,医学博士美国国家人类基因组研究所主任,博士。“TCGA的努力正在确认我们越了解肿瘤细胞基因组的变化,我们将能够照顾人受到癌症。”

这项研究的结果支持四个不同疾病的亚型的存在,基于RNA的转录DNA中发现的模式。他们也支持相关的四个亚型的存在基于DNA甲基化的模式——小分子的化学反应称为甲基添加到DNA,改变单个基因的活动。这些模式可能反映了功能变化与卵巢浆液性癌有关,但不与生存时间密切相关。

BRCA1和BRCA2基因突变,与某些形式的乳腺癌,也赋予卵巢癌的风险增加。在这项研究中,大约有21%的肿瘤显示这些基因的突变。分析这些肿瘤观察证实,BRCA1和BRCA2基因突变患者有更好的生存几率比没有这些基因突变的病人。

重要的是,调查人员发现,BRCA1和BRCA2基因的机制也成为缺陷与生存有关。如果BRCA1和BRCA2基因突变,有改进的生存时间。然而,如果BRCA1活动而不是减少甲基化,没有改进的生存时间。

“复杂的基因数据集的集成使我们能够发现一个错综复杂的一系列基因变化和验证一个特定的变化发生在所有卵巢癌的绝大多数,“说作者保罗·t·首位,博士,劳伦斯伯克利实验室,加州伯克利。“值得注意的是,我们也发现新的信息关于BRCA1和BRCA2基因的作用在决定生存。”

TCGA在最新研究中,研究人员在2008年建立在他们使用的方法描述的基因组gliobastoma多形性,最常见的脑癌。

TCGA,成立于2006年,是一个全面和协调的努力加速癌症的分子基础的理解通过基因组分析技术的应用,包括大规模的基因组测序。TCGA数据可用正在迅速研究社区通过数据库,http://tcga-data.nci.nih.gov/tcga。

数据库提供了直接访问大多数分析数据集,与其他数据,如患者治疗记录和原始DNA序列数据,提供给合格的研究人员通过一个国家卫生研究院的审查和批准过程。未来TCGA 20多个其他肿瘤类型的分析将主要使用美国复苏与再投资法案资金资助。