跟踪香菇的家庭树

新的基因组突出属Lentinula白腐真菌的多样性。

科学

香菇得名来自同一个地方——他们经常源营养shii树,橡树的日本相对。这些真菌属的一部分Lentinula在每一块大陆上,进化到分解硬木除了欧洲和南极洲。一个新的分析基因组看看Lentinula样品来自世界各地。完成24蘑菇基因组的测序和组装基因组从60现有的序列,这工作扩展了家庭树Lentinula。在这些样本,本研究还跟踪这些真菌使用酶来分解木材,并比较栽培和野生香菇种群之间的遗传多样性。

的影响

Lentinula蘑菇是白腐真菌,属于精英组的分解者,可以分解木材的所有组件——纤维素,半纤维素,和最艰难的分子,木质素。

理解Lentinula基因组进化和他们可以提供策略将植物废料转化为糖的生物燃料生产。此外,这些真菌在全球碳循环中扮演一个角色。decayers,Lentinula真菌访问碳之前锁在木头,把它转化为自己的富碳结构,以及大气二氧化碳。

总结

人员在Asia-Australasia 11样品测序和13个样本从美洲到跟踪的进化Lentinula物种。的Lentinula属分化大约2800万年前,当史上最大的哺乳动物,Paraceratherium,还在中亚。之后,Lentinula组织进一步发展,四大组:澳大拉西亚和血统L aciculospora,l . raphanica和L boryana在美洲。跟踪这些系统发育关系表明,香菇,地区香菇Asia-Australia地区,起源于热带地区。总的来说,pangenome分析显示更多的遗传多样性在野外Lentinula物种与养殖品种相比,突出显示一个潜在的保护野生物种的威胁。

在基因组测序也提供了一个机会,评估共性。的酶Lentinula真菌依靠腐烂木材被广泛守恒的跨物种。具体地说,许多物种已经非常相似的植物细胞壁降解酶(PCWDEs),包括carbohydrate-active酶、氧化还原酶、细胞色素p450酶类。这包括物种l . raphanica,能够适应栖息地从阿拉巴马州到巴西,表明同一decay-related酶广泛的环境中是有用的。

收集和分析这些样本是一个全球合作,汇集了39个研究人员来自八个不同的国家。基因组和转录组测序是社区所带来的科学项目(CSP)在美国能源部(DOE)联合基因组研究所(变得),美国能源部科学办公室用户设施位于劳伦斯伯克利国家实验室(伯克利实验室)。

参考:Sierra-Patev年代,最小值B,尹浩然,Naranjo-Ortiz。全球phylogenomic香菇属的分析Lentinula。PNAS。2023年,120 (10):e2214076120。doi:10.1073 / pnas.2214076120

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