使用Qlucore组学Explorer解释白血病蛋白质组学数据

有很多东西可以限制因素的研究过程。在医学教授史蒂文•Kornblau生物infomaticians他工作的时间压力一直很大的局限性。

教授Kornblau医学部门的白血病和干细胞移植和细胞治疗在休斯顿,德克萨斯大学MD安德森癌症中心的德州,我们使用蛋白质组学,蛋白质的大规模的研究——在对抗白血病。他和他的同事们采取的方法是同时看数以百计的蛋白质来定义模式的蛋白质激活在急性髓系白血病(AML)和识别蛋白质的功能是白血病细胞的生存的关键。

他的实验室开发的技术要求使用反向阶段蛋白质阵列(RPPA),衡量一种蛋白质的相对表达水平同时在许多样品,研究白血病,他被公认为这一领域的领导者。Kornblau的工作的另一个关键特性是绝大的白血病患者样本库,收集并用于研究。

Kornblau和他的同事——包括在实验室里五个人,两个协调员收集样本的病人,和数据库管理器,使DNA, RNA,蛋白质、血清和同行可行的细胞。他解释说,这些材料可用于一个巨大的实验研究人员的名单,我们发送样品。

从这些许多实验获得的洞察力是一项复杂的任务。存储库包括样本超过2000 AML患者和RPPA Kornblau的团队建立了使用样本511例AML病例。这种方法使许多研究的同时,加快研究和启用模式被发现。然而,数据的数量是巨大的,特别是考虑到大约有80种不同的字段为每个病人的临床信息,所有需要区别对待不同是否简单的细节比如病人的名字或更复杂的特性,比如病人的响应特定的药物或联合化疗方案。这些样品对数以百计的抗体的筛选。

数据的数量和复杂性防止模式被发现没有深入的统计分析这超出了正常范围的专业的生物学家,甚至生物学家像Kornblau也有经济学学位。

因此,数据被统计学家同事分析,这一过程可以以时间为这些同事的专业知识非常的需求。我总是不得不依靠统计学家。他们做得很好,但它涉及很多来回,“Kornblau解释道。

这一切的改变始于2013年6月Kornblau购买Qlucore组学探险家。“Qlucore允许我做我自己的分析,”他说。“我现在可以检查我知道事情是生物相关的。“,他说,”加快了进程,促进发现。这无疑是一个很大的推动者。

软件允许Kornblau探索他的数据统计,例如,改变离群值参数。它还使他产生热量地图快速显示相关的模式。“我们可以看蛋白质,明白为什么一些特别重要的与其他相关功能蛋白质和蛋白质之间寻找相关性集群从一个官能团。我们可以看到如何相互作用蛋白质抗体,可以分类成群体。以前我的统计学家所做的这一切,”他说。“我用软件越多,我继续发现新的东西。”

他说,最常见的函数,他用Qlucore组学Explorer的热图发电机和主成分分析(PCA)的能力。他还使用3 d函数PCA。

急剧的变化。“我已经与蛋白质阵列工作了7年,一直让bioinfomaticians做分析。他们的需求所以病原反应一步。”In fact, he said that it usually took a couple of months to get results. "Now it is pretty easy to put my data in and I can get results within an hour - and I play with my dataset more now that I can do it myself."

Kornblau是第一批研究员Qlucore软件应用于蛋白质组学. .然而,他认为这是适合他的研究领域和其他领域。

他发现这个软件很简单的使用,从Qlucore提供建议。“就像所有复杂的软件有一个学习曲线。然而,一旦我学会了如何计划建立了数据集几乎什么都没有,我需要做的。我只需要重新排列数据集,例如,以确保我的最后230抗体。我不认为这是任何比类似Excel难学,”他解释说,尽管他补充说,这可以帮助一些统计背景,以获得最大的。

当他发现事情可以改善美联储这些想法回到Qlucore,正在改进软件根据用户的反馈。

当Kornblau Qlucore解决方案是免费试用后购买。“我玩的很严重,我很清楚这将是值得的钱,”他了。更重要的是,他建议的同事在蛋白质组学领域,其中一些也现在购买工具。